Новая универсальная юридическая основа будущей гражданской нации как сообщества равных перед законом все равно допускала существенные исключения: сословные волостные суды для крестьян, консистории для духовенства, суды для военных, высших чиновников и др. Важнейшие политические преступления находились в ведении Верховного уголовного суда, который назначался императором в исключительных случаях. Во многом, эти исключения диктовались прагматичным желанием упростить доступ к правосудию — особенно в случае крестьян, которые рутинно обращались в волостные суды, более понятные и дешевые по сравнению с окружными судами. Формально отделенные от сферы современного судопроизводства, крестьяне интегрировались в общую юридическую культуру благодаря формированию доверия к самому институту суда. Особую роль в их дальнейшей интеграции играл мировой суд как срединное звено между крестьянскими волостными судами, которые руководствовались обычным правом, и судом присяжных. Современники рассматривали мировой суд как школу «уважения индивидуальности и закона». В такие суды могли прийти представители всех сословий, включая крестьянина или городского рабочего, и устно, на доступном ему или ей языке, изложить свою проблему. Решения выносились на основе специального сборника права — «Устава о наказаниях, налагаемых мировыми судьями», но с учетом здравого смысла и местных обычаев.
Подобной же школой нового правосознания были суды присяжных, заседания которых посещались публикой, следившей за соревнованием прокуратуры и адвокатуры в интерпретации законов. Главную «школу» проходили присяжные. Сама практика отбора присяжных отрабатывалась годами. По свидетельствам юристов — современников реформы, в провинции среди присяжных доминировали крестьяне, что было для всех совершенно новым опытом.
Куда более серьезным ограничением новой судебной системы, не оправданным ничем, кроме политического произвола, стали нарушения стандартной юридической процедуры в ситуациях, когда интересы государственной власти напрямую сталкивались с прерогативами судов, особенно в области административной юстиции. Как признавались юристы, весь прокурорский и юридический аппарат оказывался беспомощным, если преступление совершал крупный государственный чиновник. Политические преступления, по которым присяжные могли выносить оправдательные решения, государство стремилось изымать из ведения судов присяжных. Также оно старалось влиять на адвокатуру, ограничивая принятие в нее нерусских. Адвокаты, движимые правовым сознанием и корпоративной этикой, пытались отстаивать презумпцию закона перед политической целесообразностью и волей императора, и эта, в общем-то, вполне политическая и вполне современная коллизия сохранялась с момента введения судебной реформы до конца империи в 1917 г. Как и в прочих случаях, эти исключения и ограничения свидетельствовали о специфике имперского государства, а конкретно — о неспособности авторитарной системы до конца следовать объявленным ею же «правилам игры». Авторитарное государство может выглядеть эффектнее демократического, но, в отличие от него, оно не может позволить себе последовательное воплощение модели «саморегулирующейся машины» — идеала не просто эффективного, но и устойчивого государства.
Другим важным исключением из универсальной правовой сферы, создававшейся судебной реформой 1864 года, было сохранение систем обычного права для населения, фактически имевшего колониальный статус. Формальных колоний как отдельных территорий с четко очерченными границами в Российской империи не существовало (по крайней мере, до завоевания Средней Азии). Тем не менее, далеко не на всех подданных империи власти стремились распространить институты современного государства, полагая, что для начала достаточно примирить с имперской правовой системой обычное право наиболее «иных» групп. Понимание «инаковости», изначально обозначаемой термином «инородцы», менялось со временем и не сводилось к этноконфессиональным отличиям. К примеру, освобожденным от крепостной зависимости русским крестьянам тоже предоставили «переходную» административно-правовую систему, основанную на рационализированном и отредактированном обычном праве, — подобно тому, что Сперанский разработал для «инородцев» Сибири. Эта практика была продолжена и после 1864 г. На Кавказе, начиная с 1850-х годов, империя вводила судебно-правовую автономию, которая была частью «военно-народной системы управления». Ее сущность уже в начале XX в. упрощенно сформулировал кавказский наместник (1905−1915) генерал-адъютант граф И. И. Воронцов-Дашков: