Мало что изменилось в отношениях между депутатами и правительством с созывом Второй Государственной Думы в феврале 1907 г., хотя в ней заседали уже совершенно другие люди (всего 6% депутатов Первой Думы попали во Вторую). Несмотря на то, что к концу 1906 г. «восстание масс» в стране потеряло форму острого противостояния с имперской властью, по своему политическому составу новая Дума оказалась еще радикальнее первой. Всего 10% депутатов были беспартийными (включая монархистов) и еще 11% депутатов, избранных от партии октябристов, были готовы работать с правительством, не выдвигая заранее встречных требований и условий. Остальные разделяли настороженно-враждебное отношение к исполнительной власти. Кадеты контролировали теперь 20% голосов. Трудовики — 14%, но им удалось составить коалицию с другими народнически настроенными депутатами и создать фракцию на несколько человек многочисленнее кадетов. Социалисты (эсеры, социал-демократы и народные социалисты) вместе имели почти 24% голосов. Еще 15% депутатов входили в блок автономистов.
Столь радикальный состав Думы, когда умеренные конституционалисты — октябристы — начинали казаться консерваторами, на фоне постепенного спада политической напряженности в стране может иметь одно объяснение. Выборы в Думу даже по искусственно сконструированным куриям служили формой «национального самоопределения» и наибольшую поддержку получали те, кто открыто противостоял режиму Николая II и его «официальной нации». Революционность являлась лишь одним из признаков альтернативного национализма.
Со своей стороны, правительство, возглавленное после отставки Горемыкина министром внутренних дел Петром Столыпиным, демонстрировало готовность к компромиссу. С мая 1906 г. велись переговоры о предоставлении нескольких второстепенных министерских портфелей лидерам умеренных либералов из числа октябристов и членов Партии мирного обновления. Для рассмотрения Думой были внесены 287 законопроектов, включая такие принципиальные, как государственный бюджет и масштабная аграрная реформа. Дума рассмотрела лишь 31 законопроект, сосредоточившись на выработке закона об отмене военно-полевых судов для участников антиправительственных выступлений.
По утвержденному Николаем II «Положению об учреждении военно-полевых судов» от 19 августа 1906 г., в местностях, находящихся на военном положении (к этому времени — свыше 92% территории империи), для рассмотрения тяжких преступлений против жизни, собственности или порядка управления собирались военные суды в составе пяти офицеров. Они рассматривали дела в течение 48 часов, в устном порядке, без привлечения сторон обвинения и защиты. За восемь месяцев действия Положения эти суды вынесли 1144 смертных приговора. Благодаря, в том числе, яростному сопротивлению депутатов Государственной Думы, правительство не решилось внести положение от 19 августа на ее утверждение, а без этого военно-полевые суды «автоматически» лишились права судить гражданских лиц 19 апреля 1907 г., через два месяца после открытия Думы. Но ни о каком сотрудничестве депутатов с правительством речи идти больше не могло. Даже умеренные октябристы отвергли предложение войти в правительство Столыпина, потому что это было бы воспринято как измена политической нации общественности.
Исчезновение самой «империи» как промежуточного, «ничейного» пространства компромисса не позволяло осуществить элементарное парламентское соглашение, кажущееся столь логичным и заурядным в политической практике: оппозиция поддерживает правительство в обмен на предоставление постов и корректировку правительственного курса. Функциональное разделение властей в России совпадало с разделением политических наций (режима и «общества»), и уступка со стороны одной из них воспринималась как политическое подчинение другой. Понятие «нация» является аналитической абстракцией, но представление об этом противостоянии было совершенно реальным, осознававшимся и открыто выражавшимся обеими сторонами. Конфликт описывался членами общественности как противостояние «народа» и «власти». В манифестах Николая II (например, о роспуске Первой Думы) «верные сыны России» противопоставлялись смутьянам. В императорском манифесте 1907 г. причина конфликта между ветвями власти связывалась с тем, что Дума не была «русской по духу» и «иные народности» оказались «вершителями вопросов чисто русских», переча «исторической власти русского царя». Самые прагматичные политики оказывались заложниками непримиримого «межнационального» противостояния.