В Сибири он тоже начал с общих проектов административной и судебной реформ, но параллельно знакомился с краем, занимался его этнографией, и постепенно стал понимать его специфику. В результате одним из важнейших сибирских нововведений Сперанского стал подробный «Устав об управлении инородцами» — правила организации жизни, управления, судопроизводства и налогообложения для особой группы нерусского населения империи. Мало того, что документ был посвящен специфической социальной группе (а не всему региону), согласно Уставу эта группа еще и дробилась на отдельные подгруппы, к которым применялись разные правила и законы. Сибирские инородцы делились Сперанским на оседлых, кочевых и бродячих. Оседлые (татары, алтайские народы, «бухарцы», «ташкентцы» и др.) приравнивались в правах и обязанностях к русскому населению Сибири — государственным крестьянам, мещанам, купцам, т.е. жили по общеимперским законам. В то же время, для них создавались особые «инородческие» волости, где управлением занимались представители местных народов, владевшие местными языками. Устав также предусматривал создание школ для оседлых и кочевых инородцев.
Кочевые народы (к ним относили бурят, якутов и др.) платили такие же налоги, как государственные крестьяне, но выделялись в особый разряд, сохранявший родовые суды, основанные на обычном праве, и самоуправление, устроенное на трех уровнях: низший — родовое управление (для отдельных стойбищ рода), средний — инородная управа (для всего рода в целом), и высший — степная дума (для всего племени).
«Бродячие» народы (ненцы, манси, юкагиры, ительмены) платили не денежный налог, а ясак, и не подлежали российскому суду (кроме уголовных преступлений).
Стремясь интегрировать в имперское судопроизводство местные практики обычного права, Сперанский предпринял его кодификацию, результатом чего стали «Свод степных законов кочевых инородцев Восточной Сибири» и «Сборник обычного права сибирских инородцев для Западной Сибири». Кодифицируя, т.е. записывая устное право и уже этим модернизируя его (например, выбирая из множества местных вариаций некий «основной» обычай), Сперанский также редактировал его буквально, убирая нормы, которые казались ему дикими и жестокими, т.е. нецивилизованными.
Подобный подход можно назвать патерналистским, поскольку в нем прочитывается покровительственная забота «цивилизованного человека» о потенциально добрых и хороших, но отсталых «младших» народах. Но этот подход, очевидно, не был подлинно колониальным: в «Уставе» инородцы приравнивались к русским крестьянам, основное различие между ними было не расовым, а цивилизационным, т.е. преходящим (государство брало на себя ответственность за продвижение инородцев по цивилизационной лестнице), оседлость и занятие крестьянским трудом рассматривались как путь к преодолению «дикости». Для достижения этой цели «Устав» предусматривал выделение инородцам земельных наделов, которые не должны были быть меньше крестьянских.
Таким образом, реформаторские планы, изначально направленные на унификацию и универсализацию управления и законов, корректировались реальностью имперского разнообразия. Достигнутая рационализация оказывалась относительной, а кодификация обычного права не отменяла самого факта признания его как части общеимперского законодательного комплекса. Иными словами, реформы Сперанского в Сибири не приводили к устранению имперской гетерогенности, но лишь организовывали и рационализировали ее на новых основаниях. Впрочем, Уставная грамота Новосильцева допускала издание «частных законов» парламентами областей, так что Сперанский как раз и создавал основу будущего местного законодательства, «переводя» локальные особенности на язык универсальных категорий имперского права. Конституционная реформа не реализовалась, но проведенная Сперанским работа не пропала даром: его «Устав» действовал до начала ХХ в.