Дарнлей соединился с недовольными, и в королевском дворце произошла одна из тех кровавых сцен насилия, которыми богата шотландская история: Мария сидела в кабинете с приближенными людьми, в числе которых находился и Риччио; вдруг входит Дарнлей с своими сообщниками, и Риччио, несмотря на просьбы королевы, умерщвляется в ее глазах, самой Марии убийцы грозят кинжалом, приставляют пистолет к ее груди. Дарнлей немного выиграл от убийства Риччио, потому что Мария не сближалась с ним, не уступала ему большего влияния на дела, подарила полную своею доверенностию адмирала Ботуэля[40]
; опять произошла шотландская сцена: в начале 1567 года больной Дарнлей был взорван на воздух в загородном доме близ Эдинбурга, и чрез несколько времени Мария вышла замуж за Ботуэля. Следствием было сильное восстание: недовольные овладели королевою, заперли ее в крепости и заставили отречься от престола в пользу малолетнего сына Иакова (VI); Марии удалось бежать из заключения, но, преследуемая врагами и не находя нигде убежища в Шотландии, Мария перешла английскую границу и отдалась под покровительство Елизаветы; та дала ей убежище в своем государстве, но объявила, что заступится за нее тогда только, когда Мария оправдается относительно смерти мужа своего, Дарнлея.Мария Стюарт была единственною надеждою католической партии в Англии, которая не могла оставаться спокойною, видя, что Мария лишилась шотландского престола и находится в руках Елизаветы; в Северной Англии вспыхнуло восстание с целью возвратить Марии шотландский престол, но восстание было усмирено войсками Елизаветы, и католиков не пощадили: более 800 человек было казнено. Папа издал буллу, в которой объявлял Елизавету лишенною английского престола и разрешал подданных ее от присяги. Следствием было то, что в Англии изданы были еще более жестокие законы против католиков, ненависть к ним усилилась в большинстве, усилилась и ненависть большинства к Марии Стюарт. При тогдашней общности религиозных интересов Елизавета волею-неволею становилась покровительницею протестантизма в целой Европе и потому должна была выдержать борьбу с могущественным покровителем католицизма, Филиппом II испанским. Разница между соперниками была та, что Филипп не смотрел ни на что, когда дело шло о религиозном интересе; Елизавета, наоборот, действовала осторожно, смотрела вперед, будет ли от ее вмешательства польза для Англии, и больше всего боялась делать большие издержки, ибо не хотела зависеть от парламента; знаменитый дипломат ее, Вальзингам, был в отчаянии, получивши от нее инструкцию – не соглашаться ни на что, где понадобятся деньги. Елизавета помогала Нидерландам в борьбе с Испаниею, но помогала скупо и неохотно, она боялась для Англии соперничества новой, цветущей торговлею и промышленностию республики, боялась усиления Франции в Нидерландах, ибо Франция была для нее опаснее Испании.
Филипп II сначала оставлял Елизавету в покое из политических расчетов, когда наследница ее, Мария Стюарт, была французскою королевою: он боялся тесного союза Англии и Шотландии с Франциею в случае, если б Мария вступила и на английский престол. Но когда по смерти Франца II нечего было больше бояться такого союза, Филипп начинает действовать против еретички Елизаветы в пользу католички Марии Стюарт. Тогда в пылу религиозной борьбы как между католиками, так и между протестантами было распространено убеждение, что для религиозной цели, для успеха дела Божия позволительно прибегать ко всяким средствам, к заговорам и убийствам, и Филипп принимает участие в заговорах католиков на жизнь Елизаветы; папа Пий V умолял Филиппа содействовать убиению Елизаветы, писал ему: «Мы из глубины сердца молим Искупителя об успехе дела, задуманного в Его честь и славу».
Ряд заговоров против Елизаветы в пользу Марии Стюарт содействовал только отягчению участи последней; наконец в 1585 году открыт был заговор Бабингтона, молодого шотландца: положено было убить Елизавету, испанские войска должны были в это время высадиться в Англии и католики – освободить Марию Стюарт. Заговорщики были казнены самым бесчеловечным образом, и Мария Стюарт была обвинена в том, что знала о заговоре. Судная комиссия, назначенная по этому делу, приговорила ее к смерти; обе палаты парламента согласились с решением комиссии и умоляли Елизавету привести в исполнение приговор: парламент хотел отделаться от Марии Стюарт из боязни, что если она вступит на престол после Елизаветы, то начнется такая же католическая реакция, какая была при Марии Тюдор. Елизавета колебалась: дала приказание казнить Марию, потом велела подождать; но министры ее не хотели ждать и распорядились: Мария Стюарт была казнена в феврале 1587 года.