Преемнику умершего в 1533 г. Саида Абд-ар-Рашиду
удалось осуществить ряд успешных походов на земли казахов и киргизов в Моголистане, но включить их в состав Кашгарии он также не сумел. После смерти в 1560 г. Абд-ар-Рашида его сын Абд-аль-Керим отказался от планов возвращения этих земель. В тот период Кашгарию сотрясали внутренние усобицы, в результате которых к началу XVII в. там развиваются кризисные явления и усиливается влияние вождей исламскогоВ 1591 г., после смерти Абд-аль-Керима, на престоле оказался его сын Мухаммед
, что вновь привело к внутренним усобицам, продолжавшимся несколько десятилетий. В этих условиях усиливается влияние вождей ордена суфиев.К началу 40 гг. XVII в. власть на всей территории Кашгарии перешла в руки турфанской ветви Моголов, а яркендская была изгнана из страны. Следующие три десятилетия у власти в Кашгарии находился Абдаллах-хан
, лавировавший между враждебными друг другу представителями местной элиты.После образования в 1635 г. Джунгарии, Абдаллах ведет войны с ойратами, но в результате дворцовых интриг он был свергнут и отправлен в 1667 г. в Индию. С этого момента начинается упадок Кашгарии, и в 1683 г. Могольское ханство распалось на три части, оказавшись в подчинении у Джунгарии. Часть казахских племен, опасаясь набегов ойратов, перешла в российское подданство, а некоторые киргизские и тувинские племена стали платить дань как русским, так и монголам. Параллельно в этом районе идет укрепление позиций цинского Китая, что приводит в 1697 г. к переходу под его сюзеренитет Комула.
Таким образом, Восточный Туркестан еще больше ослаб и был вынужден подчиниться своим более сильным соседям.
Восточный Туркестан в составе империи Цин
В период 1755–1759 гг. Китай сумел преодолеть сопротивление уйгуров, борьбу которых поддержали Кашгар, Яркенд и другие города региона и полностью подчинить своей власти Восточный Туркестан. Затем Цины попытались продолжить свое наступление на Среднюю Азию, но встретив там ожесточенное сопротивление узбеков, киргизов, таджиков и казахов, вынуждены были отступить на ранее завоеванные позиции.
В 1760 г.
Цины объединили пустовавшие земли Джунгарии и Восточного Туркестана в единое Синьцзянское наместничество, ставшее затем их важным стратегическим плацдармом в Центральной Азии. Оно подчинялось императорскому наместнику Северо-Западного Китая и имело свое административное деление. Территория Джунгарии была разделена на пять округов, а Восточный Туркестан – на шесть и в каждом из них Цины стали создавать свои укрепленные пункты и караулы. Только в одной Джунгарии ими был размещен сорокатысячный военный гарнизон.Во главе завоеванных областей были поставлены маньчжурские чиновники, одновременно исполнявшие как военные, так и гражданские функции. В отличие от Монголии и Тибета, здесь Цины установили более жесткую систему управления. Армия содержалась за счет средств местного населения. На опустошенных землях Джунгарии стали создаваться китайские, монгольские и маньчжурские поселения. Туда же переселялись оказывавшие сопротивление Цинам уйгуры, где их прикрепляли к земле на положении государственных крепостных крестьян. Уйгуры облагались налогами в несколько раз превышавшими налоги с других переселенцев и несли более тяжелые личные повинности.
В Восточном Туркестане была введена двойная система управления и основные властные полномочия сосредотачивались там в руках начальников округов. В городах сохранилась гражданская администрация, возглавлявшаяся местной уйгурской элитой (беками)
. Беки получали от Цинов земли вместе с крестьянами, которые ранее были в собственности ходжей.В начале XIX в. в регионе сложилась тревожная для Цинов обстановка, вызванная, прежде всего, усилением эксплуатации местного населения как в сельской местности, так и в городах. Большими поборами облагались торговцы, уйгурская светская и духовная элита, несмотря на предоставленные Цинами льготы, полностью зависела от маньчжур, заставлявших с ними разговаривать не иначе, как стоя на коленях. Повсеместно попирались обычаи и религиозные чувства уйгуров и других национальностей, проживавших на территории Синьцзяна.
В результате в 1814 и 1816 гг. вспыхивали восстания уйгурского населения, во главе которых стояли потомки местных ходжей. Наиболее сильным оказалось восстание 1826–1827 гг. под руководством Джангир-ходжи в Восточном Туркестане
. Повстанцы сумели захватить Кашгар, затем распространить свое влияние на Яркенд и ряд других населенных пунктов.