К началу XVI в. развивается процесс ослабления камбоджийского государства, связанный прежде всего с междоусобной борьбой внутри кхмерской элиты. В результате этого в стране вспыхнуло народное восстание во главе с бывшим крепостным Най Каном
. Повстанцы сумели захватить Пномпень, король бежал. В 1502 г. им удалось захватить его в плен и казнить. Однако младший брат короля, Анг Тян, сумел организовать отпор повстанцам, получив поддержку из соседней Аютии. В результате Камбоджа на некоторое время оказалась разделена между сторонниками Анг Тяна и Най Тяна. Вскоре Анг Тян сумел победить своего главного противника, подавить восстание, а его зачинщика казнить. После этого, начиная с 1510 г., Анг Тян стал успешно воевать с Аютией, и в решающем сражении возле Ангкора тайские войска потерпели поражение от кхмеров, после чего эта местность получила название «Сиемреап» (разгром сиамцев).В 1531 г. кхмеры вошли на территорию Аютии, захватив и разрушив одну из ее провинций – Прачин. После этого Анг Тян усилил свои позиции внутри Камбоджи. В 1549 г. кхмеры вновь вторглись в Аютию, пытаясь закрепить свой успех. В 1556 г. на престоле утвердился сын Анг Тяма Баром Реатеа
. Он предпринял неудачную попытку переноса столицы. Ему все же удалось вернуть под камбоджийскую юрисдикцию захваченный ранее Сиамом Корат.Помимо Аютии, кхмеры воевали с лаосскими правителями, сумев их ослабить. В 1556 г. Аютия вынуждена была возвратить Камбодже Чантабун. Таким образом, Камбоджа была восстановлена в границах XIV в. Походы против Аютии были продолжены и при преемнике Барон Реатеа Сатхе I.
Первые христианские миссионеры появились в Камбодже в середине XVI в. Им было дано разрешение проповедовать, но реальных результатов это не дало – население в основной своей массе не восприняло католичества. Вскоре миссионеры покинули страну.
Во второй половине XVI в. продолжался экономический подъем в камбоджийских землях. Верховным собственником земли являлся монарх, власть которого не была ничем ограничена, сословных наследственных привилегий не существовало.
В сельской местности строились и реконструировались ирригационные сооружения за счет использования труда крестьян. Крестьяне выращивали большое количество риса, они имели право на землю только при условии ее обработки. Эта система просуществовала на территории Камбоджи вплоть до XIX в.
В городах, из которых наиболее значительными являлись Ловек, Пномпень и Ангкор, проживало большое число купцов и ремесленников, а также чиновники, военнослужащие, слуги и т. д. По р. Меконг и другим водным путям осуществлялась внутренняя торговля. Внешнеторговые связи Камбоджи осуществлялись с помощью этнических китайцев, живших в основной своей массе в столице. Они находились под контролем специально назначенных монархом чиновников.
В последней трети XVI в. вновь началась война с Аютией. Сиамцы в ходе нее сумели захватить Батамбанг и Поусат. Тем не менее камбоджийской армии удалось справиться с противником.
В этот период вновь наступил расцвет Камбоджи. Была построена новая столица – Ловек, множество буддистских храмов. В течение следующих семи десятилетий Камбодже удавалось одерживать победы над Ланг Сангом и вернуть часть ранее потерянных земель на западе. В последней трети XVI в. вновь продолжилась война с Аютией, в ходе которой пал Ловек, затем уничтоженный тайцами.
Неспособность правящей верхушки справиться с внешним врагом привело к новому народному восстанию, в ходе которого кхмерский король был убит. Однако правительству удалось все же подавить это выступление. Столица Камбоджи была перенесена в Удонг и были проведены административные реформы.
В 1594 г. тайцы захватили Ловек. Город был разграблен, уничтожено большое количество материальных ценностей, вывезено множество буддистских святынь и ценных книг в Аютию. В то время как тайцы находились в столице, кхмерский монарх продолжал осуществлять власть над остальной территорией страны, готовя новое наступление на оккупантов. Вскоре тайцев удалось выбить с камбоджийских земель.
С начала XVII в. между недавними врагами наметилось сотрудничество в борьбе с усилением Дайвьета, претендовавшего на свой сюзеренитет над Камбоджей. Однако затем планы кхмерского сдатя изменились.
Для укрепления связей с родом Нгуенов на юге Дайвьета в 1620 г. одна из дочерей Нгуенов стала женой кхмерского монарха Чей Четты II, которому в период своего правления удалось одержать ряд побед над тайцами. После его смерти в 1628 г. началась борьба за трон между различными группами кхмерской элиты.
Росло частное землевладение при сохранении формального права верховной собственности на нее в руках монарха. Частные земли могли продаваться, покупаться и передаваться по наследству.
Камбоджа в середине XVII – второй половине XIX вв.