В октябре 1887 г. в состав Индокитайского союза вошли Кохинхина, Аннам, Тонкин и Камбоджа. Позднее туда были включены Лаос (1899) и китайская территория Гуанчжоувань (1900). Общее управление этим своеобразным объединением осуществлялось министерством колоний, а непосредственно в самом Индокитае высшим должностным лицом метрополии являлся французский генерал-губернатор. Генерал-губернатор становился единственным официальным представителем президента Французской Республики на территории Индокитая, обладал правом издавать декреты, имевшие обязательную юридическую силу. Генерал-губернатору подчинялась гражданская администрация, и он являлся официальным полномочным представителем Французской Республики в странах Дальнего Востока и верховным главнокомандующим вооруженными силами Индокитайского союза. В ведении генерал-губернатора находился и бюджет Союза. Только он имел право официальной переписки с правительством метрополии.
Генеральный секретарь являлся по должности заместителем генерал-губернатора и лицом, непосредственно возглавлявшим административный аппарат Союза, в его прямом подчинении находились правоохранительные органы.
В 1894 г. было создано управление финансового контроля, отвечавшее перед метрополией за положение дел в области финансов и контролировавшее деятельность Индокитайского банка.
Колониальная администрация вначале ввела судопроизводство по французским законам для европейцев, французов и ассимилированных лиц из числа местного населения, но затем были введены уголовное и гражданское законодательство для коренного населения с учетом традиций местного судопроизводства.
Важную роль в деятельности центрального аппарата играло управление таможен и государственных монополий. Это управление являлось главным источником ресурсов, питавших генеральный бюджет, и было наиболее разветвленной службой Индокитайского союза.
В 1898 г. были образованы Управление общественных работ и Управление сельского хозяйства, в задачи которых входила организация железнодорожного строительства, управление работами в шахтах, мелиорацией, оказание помощи французским переселенцам в освоении земель в Индокитае, изучение особенностей индокитайской экономики и т. д.
Кроме того, в подчинении генерал-губернатора находилось управление почт и телеграфа. Все перечисленные управления имели отделения на местах.
С 1898 г. французская администрация стала привлекать местное население для несения административной службы, в частности, в управлении таможен и монополий, при сборе налогов и т. д., где особенно необходимо было знание местных условий.
Армия выполняла частично правоохранительные функции, а также функции таможенной и пограничной службы. Главные силы сухопутных войск сосредотачивались на севере Вьетнама. И в них входили не только французские войска, но и местные вооруженные формирования численностью до 20 тыс. человек.
Названные выше органы имели непосредственное подчинение генерал-губернатору. Кроме того, при нем имелся и ряд совещательных органов. Главным из них был Высший совет Индокитая
, созданный в 1887 г. Спустя десять лет в него были введены и представители от местного населения. Он собирался один раз в год, и в его состав входили главнокомандующие родами войск, высшие государственные чиновники Индокитайского союза, лица, представлявшие экономические интересы Франции, а также французских колонистов – делегатов торговых палат Сайгона, Ханоя и Хайфона, сельскохозяйственных палат Кохинхины и Тонкина, смешанных палат по делам торговли и сельского хозяйства Аннама и Камбоджи, а также из пяти представителей элиты – по одному от каждой страны Союза – Камбоджи, Кохинхины, Аннама, Тонкина и Лаоса. Они назначались генерал-губернатором по представлению глав местной французской администрации.Во главе местной администрации в Кохинхине находился губернатор, в Аннаме, Тонкине, Камбодже – верховный резидент, формально руководивший всеми делами совместно с местными правителями этих протекторатов.
Губернатору Кохинхины (Южный Вьетнам)
подчинялись все чиновники, находившиеся на ее территории, он также имел право решать вопросы, связанные с предоставлением земельных участков, строительством инфраструктуры и т. д.В качестве совещательного органа при губернаторе существовал Совет, в котором под его председательством заседали высшие чиновники колонии и Колониальный совет, формально представлявший интересы местного населения.
Французское население после достижения 21 года избирало своих представителей в Колониальный Совет на основе всеобщих и прямых выборов. Коренное же население могло принимать участие в выборах лишь с 25 лет на основе ограниченного избирательного права в зависимости от размеров вносимых налогов и рода деятельности.
В Кохинхине существовала торговая палата и палата сельского хозяйства, куда избирались представителями французских и вьетнамских предпринимателей с правом высказываться по вопросам промышленности, торговли и сельского хозяйства.