Следующим объектом голландской колонизации Индонезии стало государство Бантам, которое оставалось в тот момент единственным на Яве, где свое влияние сохраняли англичане. В самом Бантаме шла борьба между сторонниками ориентации на Голландию и Великобританию. В 1683 г. победу одержали сторонники проголландской ориентации, и через год правитель Бантама подписал с голландской Ост-Индской компанией договор, по которому ей предоставлялись большие привилегии в этом государстве. Англичане вынуждены были покинуть Бантам и обосноваться на западе Суматры. В том же 1683 г. голландцы подчинили своей власти Тернате, подавив там народное восстание.
Восстания против голландского господства вспыхнули по всей Яве в конце XVII – начале XVIII вв., особенно сильными из них были выступления под руководством Сурапати в Матараме, подавленные при поддержке голландцев лишь к 1720 г.
В начале XVIII в. в общих чертах сложилась система голландского колониального управления Индонезией, просуществовавшая вплоть до окончания деятельности ее Ост-Индской компании.
Установив свою монополию на приобретение местных товаров и их последующую перепродажу на рынках других государств, голландские купцы получали возможность извлечения значительных прибылей. Они строго следили за вывозом пряностей и их культивированием лишь на определенных Компанией островах. На некоторых из них работали голландские колонисты, под началом которых трудились и местные рабы. На остальных посадки вырубались для того, чтобы не допустить перепроизводства и сохранить высокие цены на данный товар в Европе. Участки для культивирования пряностей передавались сотрудникам Ост-Индской компании, которые должны были сдавать собранное сырье по фиксированным ценам. Эти земли обрабатывались местными крестьянами, а также рабами. Голландцы также ввели свою монополию на добычу соли.
Колонизаторы в тот период еще не вмешивались во взаимоотношения местного населения, в частности, элиты и социальных низов, ограничивая свое влияние лишь сферой экономики. Часть местной верхушки принималась на службу в колониальную администрацию. С их помощью на островах стали выращивать новые культуры, в частности, кофе, который потом по низким ценам скупался у его непосредственных производителей.
Главным потенциальным конкурентом голландскому экономическому господству на островах выступали этнические китайцы, особенно на Яве. В 20-е гг. XVIII в. началось их насильственное выселение на Цейлон и в Южную Африку, а оставшиеся должны были получать специальные разрешения на проживание от колониальных властей. В 40-е гг. началось физическое уничтожение китайцев на Яве. Тогда они начинают создавать свои партизанские отряды совместно с местным населением. В некоторых местах повстанцам даже удавалось захватывать в свои руки власть, в частности, в Матараме. В 1743 г. между голландцами и правителем Матарама был подписан договор, по которому в обмен на помощь в восстановлении власти последнего голландцы получали в свои непосредственные владения значительную часть территории этого государства.
В то же время шла борьба между Англией и Голландией за господство, в которой последняя постепенно слабела. Это не могло не сказаться и на Индонезии. Началось падение доходов от продажи пряностей. Стремясь хотя бы частично их компенсировать, голландцы усилили эксплуатацию местного населения и предпринимали попытки установить свое непосредственное управление над Матарамом и Бантамом, используя проходившую внутри них междоусобную борьбу. Генерал-губернатор фан Имхоф переселяет на Яву большое число голландских колонистов, а в 1749 г. он убеждает матарамского правителя «уступить» свои владения голландской компании. Это вызвало недовольство у части местной элиты, и вскоре началась вооруженная борьба, в результате которой два основных претендента на престол разделили между собой Матарам на два самостоятельных княжества – Суракарта и Джокьякарта, – признававших верховную власть голландской Ост-Индской компании.
В ходе четвертой англо-голландской войны (1780–1784 гг.) англичане начали захват принадлежавших голландцам индонезийских островов. Вначале ими было захвачено государство Паданг на западе Суматры. После подписания мирного договора 1784 г. англичанам достался во владение Нечапатам, а их суда получили право свободного прохода через Индонезийский архипелаг. Началось сокращение доходов компании, которое, в конечном итоге, привело к прекращению ее деятельности в конце 1799 г. и передаче имущества непосредственно в распоряжение голландского государства.