Позиция Селима сначала была выжидательной, тем более что Бонапарт демагогически заявлял, что цель его вторжения в Египет – наказать мамлюкских беев за неповиновение султану. Но в конце 1798 г., когда определился большой размах антифранцузского движения, объявил Франции войну и направил на помощь мамлюкам и египтянам отряд войск во главе с албанским командиром по имени Мухаммед Али. Наполеон выступил навстречу турецким войскам, но не смог продвинуться дальше крепости Акка (Палестина) и отступил назад в Египет.
С трудом французские войска отбивались от мамлюков, турок и их английских союзников. В 1801 г. Египет был занят англичанами, но в этот раз им не удалось там закрепиться, так же как безуспешными были попытки Селима вернуть в стране свою власть. В 1805 г. в Каире произошло новое восстание, в результате которого правителем страны был провозглашен Мухаммед Али. И хотя султан, сохраняя престиж, присвоил ему титул паши, Турция фактически утратила свою власть над Египтом.
Отсталость и внутренняя слабость Турции облегчали задачу западноевропейских держав, стремившихся использовать Порту в своих целях, в том числе и в их антирусской политике. В 1806 г. посол Наполеона Себастиани угрозами и посулами побудил Порту к конфликту с Россией и спровоцировал русско-турецкую войну.
Зимой 1806–1807 гг. русская армия вступила в Молдавию и Валахию, а когда весной 1807 г. турецкая армия выступила навстречу русской, в Стамбуле произошел переворот. Согласно старинным обычаям, армию возглавил великий везирь, и с ним отправилось большинство министров. Этим воспользовались противники реформ, давно дожидавшиеся подходящего момента, чтобы свести счеты с Селимом III. Под тайным руководством заместителя великого везиря (
Такой нестабильной обстановкой попыталась воспользоваться Англия. В марте 1807 г. был высажен семитысячный десант в Александрии, но Мухаммед Али разгромил англичан и изгнал их из Египта. Тем не менее в 1809 г. Англия сумела навязать султану договор, по которому получила подтверждение прежних капитуляций и обязательство султана держать Дарданеллы и Босфор закрытыми для всех иностранных военных кораблей.
Как уже упоминалось, Англия, Франция и Австрия, опасаясь, что образование независимых славянских государств на Балканах пойдет на пользу России, прикрывали свои собственные захватнические планы формулами «неприкосновенности Османской империи» и «сохранения статус-кво». На деле ни одна из держав не соблюдала этих принципов. Да это было и невозможно.
Политика русского правительства в отношении Османской империи носила двойственный характер. С одной стороны, на империю по инициативе Меттерниха была распространена доктрина Священного союза об охране легитимных (законных) монархов от революционных покушений – в данном случае от национально-освободительных движений греков и славян. И Александр I и Николай I не раз выступали с осуждением этих «бунтовщиков», вопреки тем симпатиям, которые существовали в России к угнетенным славянским народам и православной Греции. С другой стороны, реальные интересы России требовали поддержки национально-освободительных движений против турок, с целью усиления русских позиций на Балканах в противовес возрастающему влиянию западных держав.
В 1821 г. вспыхнуло греческое восстание. Охватив Морею и острова Эгейского моря, оно вылилось во всенародную борьбу за независимость. Движущими силами этой борьбы были греческое крестьянство и городская торговая буржуазия, достигшая относительно высокого уровня развития. В 1822 г. было образовано греческое национальное правительство.
Султан Махмуд II своими силами не мог подавить восстание. Малоазийские и румелийские феодалы отказывались подчиняться и давать свои войска, и он вынужден был обратиться за помощью к египетскому паше Мухаммеду Али.
В предшествующие годы Мухаммед Али провел в Египте ряд реформ: вырезал мамлюков (1811 г.) и вместо них создал регулярную армию по европейскому образцу, ввел монополию внешней торговли, ликвидировав на подвластных ему землях все капитуляции, упорядочил финансы и т. д.
В 1811 г. Мухаммед Али по просьбе султана отправил свою армию в Аравию и к 1818 г. в ходе жестокой войны разгромил государство ваххабитов. При этом он преследовал собственные цели: установить свое господство над Аравией с ее священными городами, а также укрепиться на торговых и стратегических путях побережья Красного моря.