В горных районах, в первую очередь в Палестине, начало воинских наборов привело в 1834 г. к первым значительным массовым выступлениям против египетских властей. Во главе восставших становились традиционные лидеры – главы местных аянских родов. В борьбе против повстанцев египетские войска широко применяли тактику «выжженной земли» – сжигали дотла деревни, вырубали сады, уничтожали колодцы. Восстание в Палестине было потоплено в крови, а его руководители из числа местных аянов схвачены и казнены. Едва египтяне покончили с восстанием на юге Сирии, как вспыхнули волнения на севере – в районе Триполи, Латакии и в Джэбэль-Ансарийе. Как и выступление в Палестине, это восстание началось с взрыва всеобщего недовольства в результате введения новых налогов и воинских наборов. К концу 1834 г. ценой немалых потерь египтянам под командованием Ибрахим-паши удалось одолеть повстанцев. Повсеместно были проведены воинские наборы и насильственное разоружение населения. За период с 1834 по 1836 г. в египетскую армию было призвано около 36 тыс. сирийских мусульман, т. е. не менее 10 % взрослого мужского населения Сирии.
В 1837 г. налоговый гнет и воинские наборы вызвали мощное восстание друзов в области Хауран к югу от Дамаска. Героическое сопротивление повстанцев во главе с их вождем шейхом Шибли аль-Арьяном стало настоящей легендой. Повстанцы засели в вулканическом горном массиве Леджа, откуда египетским войскам под командованием самого Ибрахима-паши длительное время не удавалось их выбить. В результате долгой осады повстанцы, мучимые голодом и жаждой, прорвали кольцо египетских войск и были рассеяны только после ожесточенного сопротивления.
В 1839 г. началась последняя фаза военного конфликта между Мухаммадом Али и султаном. Поначалу египетские войска одержали победу над армией султана у северных границ Сирии. Но в 1840 г. в конфликт вмешалась Англия. По условиям Лондонской конвенции 1840 г. Англия, Россия, Австрия и Пруссия предъявили Мухаммаду Али коллективный ультиматум с требованием немедленного вывода египетских войск из Сирии. После того, как египетский правитель отклонил ультиматум, в районе Бейрута высадился англо-турецкий десант. Крепость Акка сдалась после того, как английский флот подверг ее сильному обстрелу с моря. Попытка Ибрахима-паши сбросить десант в море не увенчалась успехом. С севера, из Анатолии, возобновили наступления султанские войска. Оказавшись в полной политической изоляции, Мухаммад Али согласился принять условия ультиматума, и египетские войска к концу 1840 г. покинули Сирию.
Так же, как и в Египте, деятельность правительства Мухаммада Али создала в Сирии условия для получения знаний о достижениях европейской цивилизации и их более активного применения. В период египетской оккупации страна более, чем прежде, была открыта для западных миссионеров, дипломатов и купцов. Сквозь призму деятельности египетских властей сирийцы знакомились с такими новыми для них явлениями и институтами, как жестко централизованная администрация, упорядоченное налогообложение, регулярная армия, обученная по европейским образцам, и органы представительного местного управления (