Эмиры Мангытской династии довольно успешно боролись с феодальной раздробленностью, хотя изжить ее до конца не смогли. Тем более, что при втором эмире Даниял-бие окончательно обособляется Хорезм
(Хивинское ханство), где после освобождения от господства иранцев в 1747 г. завязалась борьба за власть, окончившаяся захватом ханского престола в 1763 г. Мухаммедом Амином, вождем племени кунграт, по имени которого и новая династия была названа Кунгратской. Хотя войны с Бухарой продолжались, но это уже были скорее территориально-престижные споры, нежели попытки вернуть Хиву под власть Бухары, как это было раньше.В 1758 г. также бесповоротно от Бухары отделяется Кокандское ханство
в составе уделов Андижана, Маргилана, Намангана и Коканда и во главе с Иодана-бием, внуком основателя нового государства Шахрух-бия. В дальнейшем территория ханства значительно увеличилась, охватив южную часть казахских степей и достигнув по площади примерно половины всего пространства Средней Азии. Быстрый рост его населения во многом объяснялся притоком в его главную область – Ферганскую долину, в основном мало пострадавшую во время войн и смут при последних Джанидах, жителей опустевшего Самарканда и соседних регионов – Кашгара (в Китае) и Кухистана (в Афганистане). Наблюдалась также значительная миграция в Ферганскую область киргизов Северного Тянь-Шаня, а также калмыков, впоследствии слившихся с киргизами, и особой группы казахов, впоследствии называвшихся «кыпчаками Ферганы». Сюда же устремились различные группы тюрок из завоеванного Китаем Восточного Туркестана (Кашгара). Таким образом, в образовании и усилении Кокандского ханства велика роль миграций как кочевого, так и оседлого населения.Территория Бухарского эмирата
в результате обособления от него двух государств уменьшилась, но положение его несколько улучшилось, поскольку теперь основная тяжесть сложных отношений с кочевниками (казахами, туркменами, кара-калпаками, калмыками) легла на Коканд и Хиву. Дело осложнялось также тем, что долгое время основная масса этих и других кочевников входила с 1635 г. в Джунгарское ханство, вовлекавшее в свою орбиту многих степняков от Енисея до Волги. Однако разгром Джунгарии в 1758 г. Китаем привел к дезорганизации всего многообразия этносов, ею объединявшихся, и к дестабилизации отношений между ними. В этих условиях часть казахских племен уже в 1731 г. приняла российское подданство.Еще раньше переговоры об этом с Петром I вели в 1700 г., 1703 г. и 1714 г. послы хивинского хана Шах-Нияза. Однако направленная в Хиву в 1717 г. экспедиция Бековича – Черкасского для завершения переговоров и поиска золота в русле Аму-Дарьи была вероломно уничтожена хивинцами, среди которых редко наблюдалось согласие, в том числе – по вопросам внешней политики. Ханы Кунгратской династии основное внимание уделяли как обороне от кочевников (в том числе – своих подданных), так и борьбе с непокорными феодалами и вождями племен. Наибольших успехов в этом достигнул хан Мухаммед Рахим
(1806–1825), которому удалось объединить государство, подчинив мелких властителей. Он провел налоговую реформу и учредил верховный совет, добившись политической стабилизации внутри ханства. Однако сам характер социальных отношений в Хорезме, где сплетались воедино патриархально-клановые, феодальные и рабовладельческие порядки, постоянно рождал конкуренцию родов, межплеменные споры, столкновения из-за земель и пастбищ, традиционное соперничество знати.Почти непрерывными были стычки со степняками, которых Хива тщетно пыталась поставить под свой контроль, конфликты с Бухарой, эпизодические (с 1605 г.) проникновения в Хорезм русских отрядов и экспедиций. В 1734 г. казахский хан Абдулхаир получил похвальную грамоту от правительства России за приведение в российское подданство «Большой кайсацкой Орды и Аральского хана каракалпаков». Это задевало непосредственно интересы Хивы, как и Коканда, поскольку оба ханства также стремились подчинить себе казахов и каракалпаков. Положение еще более осложнилось после того, как в 1763 г. почти все остальные казахские ханы присягнули на верность России. Практически на рубеже XVIII–XIX вв. шла борьба за влияние на казахов между Россией, среднеазиатскими ханствами и цинским Китаем, пытавшимся воспользоваться уничтожением Джунгарии.