Наполеону таким образом удалось на короткое время восстановить политическое единство Запада, создать объединенный рынок европейских стран, упрочить основы культурной общности путем распространения принципов и учреждений революции и насильственного внедрения французского языка в качестве государственного в подвластных странах. Однако возможности «личного» правления большей частью Европы, как и ресурсы Франции – человеческие и материальные – затраченные на создание и сохранение «Великой империи», были небеспредельны. В конце десятилетнего правления Наполеона проявились признаки кризиса, который привел империю к гибели.
Деспотичность режима личного правления возрастала, по мере того как военные успехи и отсутствие оппозиции в стране убеждали Наполеона в собственной непогрешимости. Независимо мыслившие государственные деятели, которых было немало в окружении первого консула в начале правления, заменялись лишенными собственного мнения и исполнительными чиновниками. В управлении окончательно возобладали авторитаризм, злоупотребление политикой силы. Это множило число врагов империи.
В 1808 г. произошел разрыв отношений с папой Пием VII. С целью не допустить ввоза товаров из Англии французские войска заняли порты Папского государства. Возражения Пия VII привели к тому, что французы вступили в Рим. В 1809 г. Наполеон объявил о прекращении светской власти Папы и включил его владения в состав империи. Первосвященник отлучил императора от церкви, за что был немедленно арестован и содержался в крепости. Наполеон стал назначать епископов без согласия Папы, это вызвало протесты во многих епархиях. Власть прибегала к насилию над непокорными клириками, а это уничтожало результаты конкордата и лишало империю поддержки верующих.
Произвольное вмешательство французского правительства в сферу хозяйственных отношений спровоцировало экономический кризис 1811 г. Еще в 1806 г., с целью разорить экономику Великобритании, Наполеон запретил торговлю с этой державой и рядом колоний. Вслед за Францией к режиму континентальной блокады вынуждены были присоединиться другие европейские державы. Экономика континентальной Европы столкнулась с дефицитом ряда товаров и получаемого из колоний сырья (в частности, хлопка), необходимого для промышленного производства. Наполеон был вынужден предоставлять лицензии на ввоз запрещенных товаров, обкладывая эту узаконенную контрабанду высокими (до 50 % от стоимости товаров) пошлинами. Лицензии получали только французские купцы. Создавая им преимущественные условия, Наполеон вводил запреты на свободную торговлю конкурирующими товарами других стран континентальной Европы. Результатом этой политики в условиях непрекращающихся войн стало разорение многих торговых домов и мануфактур, падение покупательного спроса при росте цен на товары из-за высоких пошлин. Разрушительный кризис перепроизводства 1811 г. больно ударил по экономике Франции. Наполеон пытался выправить положение предоставлением ссуд товаропроизводителям, занятием работников военными заказами, однако популярность режима, основанная на экономическом процветании периода Консульства, была существенно подорвана.
Важным фактором нестабильности европейской империи Наполеона стал рост национального движения в подвластных и зависимых странах. Французские завоевания сопровождались контрибуциями, ростом налогов для населения, прямыми грабежами и военной повинностью на службу в «Великой армии» императора. Унижение национального самосознания приводило к анти-французским выступлениям. Самым значительным стало испанское восстание 1808 г., спровоцированное низложением законного короля Карла IV и возведением на испанский престол брата Наполеона Жерома Бонапарта. Двухсоттысячная армия во главе с императором подавила организованное сопротивление участников восстания, которое, тем не менее, продолжалось в последующие годы, приняв форму партизанской войны – герильи. Антифранцузские выступления проходили на территориях бывшего Папского государства, в Неаполитанском королевстве, в котором правил зять Наполеона маршал Мюрат, в Тироле. Центром национального самосознания Германии стала разгромленная в ходе войн 1806–1807 гг., униженная огромными территориальными потерями и угрозой потери самостоятельной государственности Пруссия.
Начало крушению наполеоновской империи положил поход в Россию в 1812 г. «Великая армия», которая насчитывала почти 700 тыс. человек, причем на 2/3 состояла из вооруженных сил союзников Франции или зависимых от нее стран, перестала существовать в результате этой кампании. Столь полный разгром прежде непобедимой армии Наполеона стал сигналом к созданию очередной анти-французской коалиции ведущих европейских держав (России, Великобритании, Пруссии, Швеции, Австрии). Ожесточенные войны 1813–1814 гг. показали, что деспотический режим бонапартизма не пользуется поддержкой подданных ни в завоеванных странах, ни в самой Франции, человеческие и материальные ресурсы которой были подорваны бесконечными войнами.