С образованием политической структуры султанской империи и ее балканских владений, по своему существу и происхождению враждебной устремлениям населения покоренных стран, появились и черты теократического господства. Османские завоеватели распространяли теократический принцип власти не только на взаимоотношения господствующего народа и покоренных народов, но и отношения в среде иноверных, немусульманских подданных султана. После завоевания балканских земель была введена так называемая система миллетов – религиозных общин. Она укрепляла османскую власть на Балканах, обеспечивая сотрудничество высшего духовенства немусульманских народов с султанским правительством. Представители миллетов, получая определенные привилегии от Порты, разрешение взимать церковные сборы в свою пользу, вести судебные дела единоверцев, выступали в роли не только религиозных, но и светских руководителей своей паствы под эгидой Порты. В тоже время они в какой-то мере поддерживали этногосударственные традиции своих народов, что неоднократно вызывало жестокие репрессии османских властей. Стремясь обеспечить поддержку местного христианского духовенства для обеспечения своего господства, Порта сделала главой первого и самого многочисленного греческого миллета – общины патриарха Константинополя. Последний являлся не только церковным иерархом, но и лицом, облеченным светской властью, отвечавшим за райю (немусульманское население), за уплату податей, выполнение повинностей, за поставки продовольствия в турецкую столицу, содержание дорог и вообще за лояльность православных властей. Внешне это проявлялось в том, что патриарх имел чин двухбунчужного паши (генерал-лейтенанта) и звание визиря, и ему даже полагалась стража из янычар. Высшее греческое духовенство, ставшее полномочным и единственным посредником всех православных жителей Империи в сношениях с Портой, смогло закрепить и свое привилегированное положение в южнославянских землях, где самостоятельные Тырновская (болгарская) и Печская (сербская) патриархия были уничтожены. Лишь после восстановления Сербской патриархии в 1557 г. с разрешения Порты сербские иерархи могли выступать в такой же роли, соперничая с греческими патриархами и католическими клириками. Высшее сербское духовенство играло большую роль в политической жизни страны, а церковная организация – в поддержании национального самосознания и народных традиций (самостоятельная болгарская церковь во главе с экзархом была учреждена только в 1870 г.).
Важную роль в упрочении османской администрации на Балканах играло, наряду с системой миллетов, и сохраненное Стамбулом местное самоуправление покоренного населения – греков, албанцев, южных славян. Полуфеодальная верхушка немусульманских народов, получая от османских властей небольшие налоговые льготы и отдельные привилегии, выполняла их распоряжения по сбору налогов, отряжала крестьян для выполнения государственных повинностей, оказывала содействие посланцам и отрядам Порты. Включение местного самоуправления с систему османской администрации облегчало ведение дел чиновниками Порты, но в то же время создавало и возможности для объединения покоренного населения, для выступлений его против турецкой власти.
Эти особенности османского управления балканскими землями привели к появлению здесь уже в XVI в., а еще в большей мере в XVII в. самостоятельных или полусамостоятельных областей, обычно в горных, малодоступных районах, где местные жители в ходе долгой и упорной борьбы добились фактического упразднения султанской администрации, налоги Порте уплачивались лишь эпизодически, зачастую только в результате карательных походов турок. В таком положении находились черногорские племена, горцы прибрежной области южной Албании – Химары, жители Черногории, округа Мани в Южном Пелопоннесе. Сходных прав и привилегий сумели добиться жители греческих островов Эгейского моря – Наксоса, Тасоса, Пароса, Псары и др. (Эгейские острова находились под особым управлением главнокомандующего морскими силами Османской империи капудан-паши.) В период длительных войн Османской империи с другими державами, особенно в конце XVI – начале XVIII в., эти фактически автономные или полуавтономные области оказывались лишь в номинальной зависимости от Порты. В более позднее время, в связи с ослаблением турецкой военной силы и дезорганизацией административной системы, в Северной Албании (Шкодре – Скутари) с 1756 по 1831 г. правление осуществляла феодальная семья Бушати, а властителем Янинского пашалыка (Южная Албания с примыкающими к ней греческими районами в Фессалии и Эпире) с конца 80-х годов XVIII в. по 1822 г. был Али-паша Тепелен. Эти полунезависимые пашалыки способствовали консолидации албанской общности.