В марте 1848 г., вслед за начавшимися революциями в Австрии и Венгрии, Великое народное собрание в Загребе провозгласило программу политического объединения и автономии хорватских земель. Баном был избран граничарский полковник И. Елачич, незадолго до этого назначенный на эту должность австрийским двором. Хорваты добивались равноправия с Венгрией, и как сербы и словенцы, – превращения Австрийской империи в конституционную федеративную монархию, а в ее рамках – политического союза южных славян (австрос-лавистская концепция). Всему этому решительно воспротивилась Венгрия. Лояльный к Габсбургам Елачич издал циркуляр о разрыве отношений с венгерским правительством. Императорское правительство, играя на славянско-венгерских противоречиях, использовало хорватское политическое движение для подавления венгерской революции. В сентябре 1848 г. армия Елачича, выполняя распоряжение императора, перешла реку Драву и двинулась на венгерскую столицу; началась хорвато-венгерская война. Революция 1848–1849 гг. на территории Австрийской империи потерпела поражение. Надежды хорватов на награду со стороны Вены за активное участие в подавлении революции в Венгрии не оправдались. Требование о воссоединении хорватских территорий в рамках автономного Триединого королевства Хорватия, Славония и Далмация выполнено не было. Единственной уступкой явилось отделение Хорватии от Венгрии и перевод ее под управление имперским властям.
Скоро выяснилось, что Габсбурги заинтересованы прежде всего в компромиссе с сильным венгерским дворянством. В 1867 г. создалось дуалистическое государство Австро-Венгрия. Гражданская Хорватия и Славония снова вошли в состав Венгрии. А уже в следующем году австро-венгерский властью хорватам было навязано венгеро-хорватское соглашение: Хорватия сохранила административно-судебную и культурную автономию, но в руках венгерского правительства оказались экономика и финансы Хорватии; венгерский премьер-министр предлагал императору кандидатуру хорватского бана. В 18711881 гг. Хорвато-Славонская Военная Граница, потерявшая прежнее значение в качестве особого административного образования, была демилитаризована; 10 из 12 ее военных округов присоединялись к Гражданской Хорватии и попали под юрисдикцию хорватского бана и сабора. Население Хорватии достигло 1,5 млн человек, из которых сербы составили одну четверть. Проблема взаимоотношений хорватов и сербов, особенно их правового и административного положения становится одной из злободневных в Хорватии.
Взятый Веной жесткий курс на централизацию, наряду с заключением венгеро-хорватского соглашения (1868), вызвали недовольство и противодействие в Хорватии. Партия «народняков» по-прежнему оставалась наиболее многочисленной и влиятельной в обществе силой. Их лидеры – епископ И. Штроссмаер и историк Ф. Рачке – стали идеологами нового направления в хорватском интеграционном движении – югославизма. Последователи иллиризма, они предложили концепцию воссоздания Хорватии в союзе с югославянскими народами империи – сербами и словенцами – и образование особой, югославянской единицы в рамках империи. Культурное, идеологическое сотрудничество всех южнославянских народов они считали реальной основой воссоздания хорватской национальной государственности. Их позиция по вопросу реформирования империи сводилась к необходимости переговоров с венграми о совместном выступлении в Вене по вопросу об автономии Триединого королевства Хорватия, Славония и Далмация. «Народняки» активно вели поиски союзников, широко используя идею единения южных славян. В 1870 г. партия провела в Любляне Югославянский съезд, в котором приняли участие около 100 хорватских, словенских и сербских представителей, обсуждавших программу единой югославянской политики. Лидеры «народняков» вели тайные переговоры с правительством княжества Сербии, обсуждая возможные совместные действия в османских провинциях Боснии и Герцеговине. Позднее Штроссмаер и Рачки, продолжая пропаганду югославистских идей, стали ратовать за полную самостоятельность Хорватии в составе Венгрии. Другая партия – «правашей», – возглавляемая юристами А. Старчевичем и Э. Кватерником, выступила с программой государственной независимости Хорватии. Ссылаясь на утраченные «исторические права», «праваши» выдвинули идею создания Великой Хорватии, которая объединила бы не только хорватов, но и территории словенцев и сербов (последние были объявлены хорватами). Как и великосербские планы (программа «Начертание»), панхорватизм вел к обострению хорвато-сербских отношений. Значительная часть хорватской политической элиты (главным образом крупные помещики в Славонии) и в новых условиях не видела иного способа сохранения своих социально-политических позиций и привилегий, как в сохранении лояльности венгерским властям. «Мадьяронство» сохранилось до начала ХХ в., когда часть обуржуазившегося дворянства сблизилась, даже слилась с буржуазией, и пыталась отстаивать национальные интересы как против Вены, так и против Будапешта.