Важным завоеванием революции явилось принятие новой конституции 1857 г., вступившей в силу 16 сентября, в годовщину восстания под руководством М. Идальго. Согласно Конституции, Мексика провозглашалась демократической представительной республикой, состоявшей из штатов, суверенных в своих внутренних делах. Высшая законодательная власть принадлежала однопалатному конгрессу, избираемому на два года, исполнительная власть принадлежала президенту, избираемому всеобщим голосованием на четыре года. Духовенству запрещалось избираться в органы государственной власти. Конституция декларировалась неприкосновенностью частной собственности и, подтверждая положения «закона Хуареса» и «закона Лердо», запрещала духовным и светским корпорациям владеть недвижимым имуществом. Конституция содержала статьи о свободе слова, печати, собраний, тайне переписки, суде присяжных. Запрещалось рабство и долговое рабство (пеонаж). Конституция 1857 г. наносила удар по феодальным пережиткам и имела буржуазный характер, следовательно, против нее выступили консерваторы и церковь. Борьба приняла вооруженный характер, в ряде штатов Мексики вспыхнули мятежи, а в конце 1857 г. произошел государственный переворот. Президент Комонфорт бежал, правительство возглавил консервативный генерал Сулоага. Страна погрузилась в пучину гражданской войны.
Консерваторы с помощью верных им вооруженных сил заняли ряд крупных городов страны, включая столицу Мехико. Объявив об отмене Конституции 1857 г. и аннулировав «закон Лердо», они вернули церкви принадлежавшую ей недвижимость и восстановили привилегии духовенства и армии. Регулярная армия на протяжении всей гражданской войны воевала на стороне консерваторов против либералов. Либеральный лагерь сторонников Конституции включал среднюю и мелкую буржуазию, ремесленников, городскую бедноту, часть крестьян. На стороне либералов были также те представители крупной буржуазии и латифундистов, кто скупил имущество по «закону Лердо». Борьбу либералов в то время возглавили пурос и один из их лидеров Б. Хуарес. Бенито Пабло Хуарес (1806–1872), происходивший из бедной индейской крестьянской семьи и росший сиротой, получил образование в духовной семинарии и обучался юриспруденции в Институте наук и искусств. Став адвокатом, он постепенно включился в политическую борьбу и занимал ряд государственных постов. Как политический деятель он представлял интересы молодой мексиканской буржуазии. Скромный, честный простой в общении и неустрашимый в опасности, Хуарес оставался доступным и для простых людей. Мексиканцы считали его национальным героем.
Б. Хуарес возглавил правительство либералов, оплотом которого стала окраина – северо-западные и часть южных штатов Мексики. Поскольку регулярная армия сражалась на стороне консерваторов, то либералам пришлось создавать собственные вооруженные силы из частей национальной гвардии и партизанских отрядов. Эти войска, состоявшие из добровольцев, были плохо экипированы, мало обучены, слабо организованы и не достаточно вооружены. В результате военный перевес в годы гражданской войны был на стороне консерваторов. Конфликт углубило и религиозное противостояние. Церковь разжигала религиозный фанатизм среди верующих и щедро финансировала правительство консерваторов. Либералы, со своей стороны, развязали репрессии против духовенства, вплоть до смертной казни тех священников, которые призывали верующих не поддерживать конституцию. На борьбу против церкви было направлено также законодательство либералов. В 1859 г. Б. Хуарес издал документ под названием «Законы о реформе», ставшие наряду с конституцией 1857 г. и «законом Лердо» важнейшим законодательным актом буржуазной революции. «Законы о реформе» объявляли главным виновником гражданской войны в Мексике духовенство. А потому декларировалось изъятие у церкви тех материальных ценностей, которые она использовала в ущерб обществу, т. е. национализация церковного имущества в пользу государства. Провозглашалась свобода вероисповедания, церковь отделялась от государства, а мужские монастыри, религиозные братства и конгрегации распускались. Вводился гражданский брак, а регистрация актов гражданского состояния передавалась государству. Верующие освобождались от принудительных церковных поборов. «Законы о реформе» более радикально, чем конституция 1857 г. и «закон Лердо», определяли положение церкви в государстве, вместо выкупа церковной недвижимости объявлялась ее полная национализация. Хуарес и его соратники стремились облегчить переход церковных земель в руки мелких собственников, чтобы стимулировать мелкое землевладение. За это консерваторы обвинили либералов в «коммунизме».