До 14 февраля 1904 года Тихоокеанского флота
формально не существовало. Были Тихоокеанская эскадра (начальник вице-адмирал О.В. Старк) и Владивостокский отряд крейсеров (начальник капитан 1 -го ранга Н.К. Рейценштейн). Общее руководство Морскими силами Тихого океана осуществлял адмирал генерал-адъютант Наместник Е.И.В. в областях Дальнего Востока Е.И. Алексеев. С 14 февраля Тихоокеанский флот обрёл хозяина- полномочного командующего вице-адмирала Макарова С.О. Хоть и поставленный японским флотом в самое тяжёлое положение, ТОФ вдруг как бы преобразился, подтянулся, захлебнул боевого духа и стал готов к выполнению задач по охране морских дальневосточных рубежей России. Такое положение продержалось 36 дней, и эти дни были счастливейшими во всей истории Тихоокеанского флота.Что же сделал Макаров? Ещё никто не поставил вопроса, чем вице-адмирал помог Отчизне выиграть эту войну. А вклад Макарова в победу был весьма и весьма скромен.
Заменил во Владивостоке Н.К. Рейценштейна привезённым с собой контр-адмиралом К.П. Иессеном и забыл о существовании Особого отряда крейсеров (так стало называться это соединение). Сумел организовать перекидную стрельбу по японским броненосцам через гору Ляотешань, до этого безнаказанно бомбардирующими гавань и город. Обе стороны вслепую расстреливали снаряды, почти не причиняя противнику вреда и впустую тратя деньги налогоплательщиков (12-дюймовый снаряд стоил 700 рублей). За это Макаров удостоился взбучки от Морского министерства- нужно признать, отчасти справедливой.
Несомненным достижением нового командующего стал выход эскадры на внешний рейд в одну полную воду. Кронштадтский опыт сослужил тут ему добрую службу- умело используя портовые буксиры, утром он выводил броненосцы на внешний рейд, а вечером уводил обратно. Это был первый ответ- пощёчина Алексееву- имей он нормального начальника порта, то разгрома 8-9 февраля, может быть, не последовало.
Макаров провёл с командирами несколько совещаний, выпустил простую и ясную "Инструкцию для похода и боя", равную боевому уставу. Впервые в русском флоте заговорил о "мерах секретности", выдвинул идею радиоразведки. С помощью своего старого товарища капитана 2-го ранга К.Ф. Шульца, изобретателя первого в мире минного трала, Макаров создал в Порт-Артуре тралящий караван.
Ещё он продолжил работы, начатые его предшественником адм. Старком по профилактическому затоплению на подступах к гавани торговых судов, создавая искусственный фарватер, чтобы затруднить Того его "закупорочные" операции.
Продолжил Макаров и ночные рейды миноносцев. Едва обосновавшись на "Петропавловске", он выслал в море отряд миноносцев капитана 1-го ранга Н.А. Матусевича. В ходе неожиданного ночного боя был повреждён японский миноносец, русским же удалось вернуться в базу с "моральной победой". Но следующей ночью так гладко всё не закончилось: утром 10 марта в японскую засаду попали два русских миноносца "Решительный" и "Стерегущий". Повторилась история с "Внушительным" и "Бесстрашным", случившаяся всего две недели назад. Пользуясь преимуществом хода (у "Стерегущего" были неполадки в машинах) "Решительный" (капитан 2-го ранга Ф.Э. фон Боссе) бросил напарника на произвол судьбы и "прорвался" в Порт-Артур, предоставив лейтенанту А.С. Сергееву самому разбираться с проблемой в виде неисправной машины и четырёх японских миноносцев. Сергеев вскоре был убит, флаг команда не спускала, отражая атаки вражеских кораблей чем могла.
На выручку "Стерегущему" бросился сам Макаров на быстроходном "Новике", приказав "Баяну" идти следом.
Разумеется, пока адмирал прибыл к месту боя, то застал там только несколько пузырей от затонувшего храброго миноносца и ни с чем вернулся. Поступок же его, "личный пример", произвёл самое сильное впечатление на порт-артурских моряков. Капитан 2-го ранга фон Боссе был представлен к ордену Св. Георгия 4-й степени- "за прорыв сквозь неприятеля в свой порт", и 9 июня удостоился обеда у государя.
В ночь на 27 марта Макаров лично возглавлял отражение атаки японских брандеров, подняв флаг уже на канонерской лодке "Бобр".
Начальником штаба флота адмирал назначил контр-адмирала М.П. Моласа, освободив его от командования отрядом крейсеров. Вместо него из Владивостока вызвали Н.К. Рейценштейна. На место младшего флагмана вместо контр-адмирала кн. П.П. Ухтомского из Шанхая был вызван капитан 2-го ранга Н.А. Кроун. Но самым скандальным назначением стало назначение командира "Новика" капитана 2-го ранга фон Эссена командиром броненосца "Севастополь"!
Поводом стал пробный выход эскадры 27 марта. Макаров в этот раз решил поманеврировать, приказал всем увеличить ход до 16 узлов, и очень скоро "Пересвет" врезался в корму "Севастополя".