Между 500 и 400 гг. до н. э. Ла-Вента была поспешно покинута, однако некоторые небольшие поселения района, такие как Трес-Сапотес и Серра-де-лас-Месас, оставались заселенными. Они продолжали традицию высекать стелы и алтари в больших кусках камня; в них сохранялись также некоторые черты иконографического искусства ольмеков. Особенно интересно большое сходство между скульптурами этих после-ольмекских поселений и теми, что изготавливались южнее, в верховьях реки Грихальва и на побережьях штата Чьяпас и Гватемалы. Такие сходства позволяют идентифицировать культурное явление, известное как комплекс Исапа; самой северной точкой этого комплекса, похоже, является Ла-Мохарра в штате Веракрус, а самыми южными — Исапа в Мехико и Абах-Такалик и Эль-Бауль в Гватемале. Ключевым звеном являются Чьяпа-де-Корсо и Ла-Либертад, расположенные в верхнем течении Грихальвы. Эта большая извилистая река, спускающаяся в бассейн залива и пересекающая перешеек Теуантепек, проходит по местам обитания языковой семьи михе-соке в поздний доклассический период. Связь от берега одного океана до берега другого по этому маршруту не была чем-то новым и существовала в течение многих веков; а произошло, скорее всего, то, что потомки ольмеков из района залива укрепили связи со своим собственным этническим родом после того, как исчезли торговые и политическое отношения эпохи ольмеков.
В эпоху кризиса и переустройства в местах комплекса Исапа возникло одно из самых важных изобретений в истории Месоамерики: длинный счет, система календарного подсчета, которая позволяла с абсолютной точностью датировать любое событие начиная с фиксированного момента, соответствующего датам современного календаря. Точкой отсчета для месоамериканской системы длинного счета стало 13 августа 3114 г. до н. э., но у нас нет информации о том, что эта дата соответствует какому-либо конкретному событию. Самые древние из известных нам календарных записей происходят из района михе-соке: Чьяпа-де-Корсо, 36 г. до н. э.; Трес-Сапотес, 31 г. до н. э.; Эль-Бауль, 36 г. н. э.; Абах-Такалик, 126 г. н. э.; Ла-Мохарра, 143 и 156 гг. н. э., и Сан-Андрес-Тукстла, 162 г. н. э. Эти данные свидетельствуют о том, что система, приписываемая майя, на самом деле была изобретена михе-соке в период кризиса и регионального переустройства. Нельзя также утверждать, что сооружение, сочетающее в себе алтарь и стелу, было изобретено майя. Оно использовалось уже в эпоху ольмеков в Герреро, в Морелосе, в районе залива, и пришло в район, населенный майя, именно через этот культурный коридор комплекса Исапа.
В средний доклассический период уже было несколько земледельческих поселений майя в сельве, таких как Сейбаль и Аль-тарь-де-Сакрифисиос, в притоке реки Усумасинта под названием Пасьон, а также Тикаль, Уахактун, Накбе и Эль-Мирадор в гватемальском департаменте Петен, недалеко от границы с Кампече. Некоторые из этих деревень стали колыбелью мощных правительств, и в поздний доклассический период в них строились компактные и возвышенные церемониальные участки, которые представляли собой группу из нескольких холмов, каждый из которых, в свою очередь, был увенчан двумя или тремя пирамидальными платформами. Архитектура и декор этих ансамблей очень похожи на те, что были в классический период, но некоторые компоненты пока отсутствуют: портреты правителей и эпиграфические тексты с указанием дат.
Группы Петена продвигались на юг и до реки Грихальвы, но точно неизвестно каким образом — военным или мирным. В результате этой экспансии они переняли традиции комплекса Исапа. Каминальгую и другие поселения гватемальского плоскогорья могли быть удобными территориями для ассимиляции михе-соке и майя. В 292 г. н. э. длинный счет появляется в записях и в архитектуре майя в сельве, в растущем городе Тикаль, который станет одним из самых преуспевающих в регионе.
Эра империи
Между 100 г. до н. э. и 200 г. н. э. — в период, который некоторые авторы отделяют от доклассического и называют протоклассическим, — в долине Мехико произошел ряд важных событий. Тогда был заброшен Куикуилько, а Теотиуакан стал бесспорным политическим и религиозным центром региона.
В течение первых двухсот лет нашей эры были построены пирамиды Солнца и Луны, а также храм Кецалькоатля, сооружена так называемая Дорога мертвых и началась история Теотиуакана как города. Если мы и можем уверенно назвать какое-нибудь из доиспанских поселений городом, то это Теотиуакан. Постройки и мостовые занимали большую часть его пространства, не оставляя на территории площадью около двадцати квадратных километров места для садов и огородов.