Нестеров вместе с напарниками на вертолете добрался до заброшенного аэродрома Тушино, где в здании терминала столкнулся с бойцами неизвестной ему организации, называющей себя «Обсидиан». После сражения с ними сталкер был вынужден преследовать на джипе взлетающий по полосе самолет. Попав на борт, Нестеров вступил в схватку с главой отряда ЦРУ – Макмилланом.
В итоге самолет рухнул на летное поле, где появились наконец подоспевшие солдаты во главе с Василевским. Генерал забрал «Призму искажения» и, поблагодарив Романа за помощь в ее поисках, оставил сталкеров на полосе. Роман вместе с соратниками сумел выбраться из города, однако Макмиллан перед тем, как сдаться людям Василевского, предупредил Нестерова о том, что такое «Обсидиан». С его слов, это загадочная группировка фанатиков, стремящихся с неизвестной целью создать Зону планетарного масштаба, а их агенты и последователи есть повсюду: в ЦАЯ, Изоляционных Силах, правительствах и, возможно, даже в «Декартовых координатах».
Через два месяца после этого Романа вместе с товарищами отправили в Припять для расследования слухов о деятельности «Обсидиана» в Старой Зоне. Вместе с военным сталкером российских Изоляционных Сил полковником Олегом Посевным по прозвищу Шекспир и его другом сталкером Бурым они добрались до ЧАЭС, где обнаружили, что адепты «Обсидиана» поддерживают контакт с фанатиками группировки «Обелиск», обитающей на территории аварийного энергоблока. Более того, адепты «Обсидиана» вывозят некое оборудование из подземных лабораторий под ЧАЭС. Под прикрытием нападения мутантов сталкерам удалось проникнуть на военный аэродром близ Мертвого Города, используемый «Обсидианом» в качестве базы. Из добытых документов сталкеры выяснили, что самолеты с грузом оборудования отправляются в Московскую Зону.
Проведя разведку, Нестеров с товарищами получил новое задание по сопровождению людей в Зону – на этот раз представителя российского правительства – агента Бруно – и нескольких «Призраков Метели» – оперативников спецназа ЦАЯ. Они прибыли из новой столицы с целью установить точное местонахождение объекта «Горный Хрусталь» – подземного хранилища золотого запаса РФ, который не смогли эвакуировать из Москвы после ее превращения в Аномальную Зону. Нестеров согласился.