Эти идеи новый Пфеферкорн развивал в ряде статей, напечатанных в официальной газете «Виленский Вестник». В особом сочинении «Книга Кагала» (1869—1871) Брафман доказывал существование «тайного еврейского правительства» на основании выписей из старых кагальных пинкосов, из Талмуда и раввинских кодексов, и осветил все это так, как будто русское правительство стоит перед альтернативой: либо разрушить еврейскую общину со всеми ее учреждениями, либо подвергнуть Россию опасности быть завоеванною «всемирным кагалом». К последнему был причислен и союз «Alliance Israelite Universelle», учрежденный недавно в Париже для целей взаимопомощи евреев различных стран. Изданная на казенные средства, «Книга Кагала» была разослана по всем присутственным местам империи, дабы русские чиновники руководствовались ее указаниями и знали, как бороться с «внутренним врагом». Напрасно еврейские писатели в брошюрах и статьях обличали невежество Брафмана и полное извращение роли кагалов в прошлом и настоящем; напрасно боролись против проектов доносчика еврейские делегаты в комиссии, учрежденной виленским генерал-губернатором для обсуждения этих проектов (1869). В Петербурге за виленские откровения ухватились, как за доказательство опасного еврейского «сепаратизма».
В это время произошел случай, подтвердивший для высших сфер факт замкнутости евреев. Объезжая Царство Польское (1870), Александр II увидел сплошные массы хасидов с длинными пейсами и в длиннополых костюмах. Возмущенный этим зрелищем, царь приказал строго соблюдать в польских губерниях старый закон о запрещении еврейской одежды, и губернаторы с азартом принялись искоренять «безобразные костюмы и пейсы» хасидов. Вскоре вопрос о «еврейской обособленности» поступил на рассмотрение Государственного Совета. Явно находясь под влиянием разоблачений Брафмана, Государственный Совет нашел, что «запрещением внешних отличий в костюме далеко еще не достигается желаемое правительством уничтожение обособленности евреев и почти враждебного к христианам настроения еврейских обществ», которые «составляют у нас замкнутую религиозно-гражданскую касту или почти особое государство в государстве». А потому Совет предложил поручить особой комиссии «обсудить вопрос об изыскании средств к возможному ослаблению общественной связи евреев» (декабрь 1870). Такая комиссия из представителей различных министерств была учреждена в 1871 г., под председательством товарища министра внутренних дел Лобанова-Ростовского («Комиссия по устройству быта евреев»).
Пока правительство собиралось карать евреев за их обособленность, произошло событие для того времени необычное: пасхальный погром 1871 года в Одессе. В этом городе, житнице юга, обязанном торговым процветанием евреям и грекам, издавна существовало соперничество между этими двумя национальностями на почве хлебного экспорта и колониальной торговли. Соединившись с русскою чернью портового города, греки решили отомстить евреям или запугать их уличным погромом. Для возбуждения толпы они пустили ложный слух, будто евреи похитили крест с ограды церкви и бросали камни в церковь. В пасхальное воскресенье (28 марта) толпы греков и русских стали бить евреев, громить и грабить их дома и лавки сначала в районе церкви, потом на соседних улицах и, наконец, по всему городу. Три дня продолжались эти дикие сцены на глазах полиции и войска. Только на четвертый день Пасхи, когда сотни жилищ и лавок были разрушены, власти приступили к «успокоению» путем самобытной расправы: на базарной площади были расставлены солдаты с возами розог, и пойманных громил тут же подвергали публичному сечению. Этим «отеческим» наказанием слишком нашаливших детей одесский генерал-губернатор Коцебу ликвидировал погром. В Петербурге сначала заинтересовались только вопросом, не имеет ли погром связи с тайным революционным движением, которое, начав с евреев, потом направит толпу на дворян и русскую буржуазию. Когда произведенное расследование не обнаружило в одесских событиях никаких политических мотивов, в Петербурге успокоились и поверили донесениям сатрапов черты оседлости, что начавшееся антиеврейское движение есть только «грубый протест масс» против «эксплуататоров».