При расколе ДУМЕС Медведев-Ниязов занял сторону оппонентов муфтия Талгата Таджуддина и сблизился с Нафигуллой Ашировым, который стал помогать ему в борьбе против Равиля Гайнутдина. Эта борьба до 1995 года носила вялотекущий характер, однако после создания по инициативе Ниязова Союза мусульман России резко обострилась. Политические инициативы генерального директора ИКЦ России были осуждены муфтием Равилем Гайнутдином и его соратниками, которые в июне 1995 года разослали во все заинтересованные инстанции специальное письмо. В этом письме они выражали озабоченность «крайне негативным воздействием Исламского культурного центра России (ИКЦР) на религиозную жизнь мусульманской общины России» и обвиняли его генерального директора «в неблаговидной деятельности, различного рода махинациях и закулисных интригах». В свою очередь, Абдул-Вахед Ниязов пытался всячески скомпрометировать Равиля Гайнутдина и вторично оспорить его полномочия. Его соратник Нафигулла Аширов обвинил московского муфтия в «узурпации власти, противопоставлению себя большинству мусульманских лидеров и пренебрежении их мнением». К этому времени конфликт между Ниязовым и Гайнутдином приобрел дополнительные измерения, однако их личная неприязнь по-прежнему играла в нем главную роль. В конце октября 1996 года новообразованный Совет муфтиев России выступил со специальным заявлением «О так называемых «исламских» партиях и «мусульманских» общественно-политических движениях», в котором окончательно развенчал все попытки Ниязова использовать религиозные чувства мусульман в корыстных политических целях. К этому времени стало ясно, что изрядно скомпрометированный ИКЦР и слабеющий ВКЦДУМР не могут рассчитывать на победу в противостоянии с набирающей силу структурой Равиля Гайнутдина, поэтому их лидеры стали искать пути примирения.
В начале 1997 года Абдул-Вахед Ниязов и Нафигулла Аширов признали авторитет Совета муфтиев России и попросили его поддержки в создании ДУМАЧР. Впоследствии они примирились с муфтием Равилем Гайнутдином и стали его союзниками, однако довольно автономными и непредсказуемыми.
Впрочем, примирение Равиля Гайнутдина с лидерами ИКЦР и ВКЦДУМР происходило на фоне его серьезной ссоры с председателем ДУМ Сибири, мишарским бизнесменом Ряшитом Баязитовым. Поводом для нового конфликта стала резкая дискуссия относительно права собственности на две новые мечети, построенные Баязитовым в московском районе Отрадное. Равиль Гайнутдин настаивал на том, чтобы эти мечети были переданы ДУМЕР, в то время как Баязитов хотел сохранить над ними полный контроль.
В итоге их ожесточенный спор вылился в серьезный конфликт, который привел к сближению Баязитова с ЦДУМ и выходом из Совета муфтиев России подконтрольных ему ДУМ Сибири, ДУМ Нижнего Новгорода и Нижегородской области и ДУМ «Ассоциация мечетей» (ДУМ Нижнего Новгорода и Нижегородской области, правда, ограничилось только уведомительным письмом о выходе из Совета муфтиев и не предприняло никаких реальных шагов по разрыву отношений с этой Структурой). Есть все основания считать, что именно этот конфликт на личной почве сделал возможным экспансию ДУМАЧР и перенес раскол на мусульманские сообщества Сибири и Дальнего Востока. Кроме того, Ряшит Баязитов помог ЦДУМ создать в Москве альтернативный ДУМЕР муфтият, который возглавил бывший председатель ДУМ «Ассоциация мечетей» муфтий Махмуд Велитов.
В ноябре 1998 года участники расширенного заседания Совета муфтиев России и ВКЦ ДУМР приняли специальное заявление «По предотвращению деятельности раскольнических групп в мусульманском сообществе России», в котором, в частности, говорилось: «Довести до сведения Р. Баязитова и братьев Шакирзяновых, что при продолжении ими раскольнической деятельности, несовместимой с общечеловеческими и исламскими принципами нравственности и морали, главы Духовных управлений мусульман России, муфтии примут в отношении их фетву (религиозно-правовое заключение) о несоответствии их деятельности и нравственных принципов нормам, предъявляемым к мусульманину». Кроме того, в июне 1999 года Равиль Гайнутдин направил мэру Москвы письмо, в котором протестовал против строительства «шиитской» мечети в Отрадном. По его мнению, она могла стать «очагом напряженности» и «внутриконфессионального противостояния». Конфликт между Ряшитом Баязитовым и Равилем Гайнутдином продолжается до сих пор, однако со временем он потерял свою остроту.