Курганская область долгое время находилась вне арены мусульманского противостояния. Раскол в ней начался лишь в 1997 году, когда усилиям эмиссаров Аширова курганская община вышла из состава ЦДУМ и выступила одним из соучредителей МДУМСДВ-ДУМАЧР. Вскоре эта община стала центром Курганского казыята ДУМАЧР, который возглавил имам-мухтасиб Салават Каримов, ранее занимавший аналогичный пост в Челябинско-Курганском муфтияте ЦДУМ. Смена юрисдикции не принесла татарину Каримову ожидаемых благ – фактическое руководство казыятом стали осуществлять имам-хатыб курганской общины таджик Зейдулло Мизропов и члены чеченской диаспоры. Вскоре они окончательно оттеснили имам-мухтасиба на второй план, «отлучив» его от пятничного намаза за «несовместимое с нормами ислама поведение». Впоследствии был смещен со своей должности и председатель курганской общины Габдулла Исакаев, обвиненный в присвоении 15 тысяч долларов, выделенных на строительство Курганской соборной мечети. В итоге среди курганских мусульман начался межнациональный конфликт.
Выразителем интересов Нафигуллы Аширова в Челябинской области стал сириец Салех Абдель Рахман Гази, получивший пост казыя Челябинского казыята. Методы его работы отличались большой оригинальностью, и вскоре в адрес казыя были выдвинуты документально подтвержденные обвинения в приверженности к экстремистской идеологии и разжигании межнациональной вражды. К 2000 году деятельность Салеха спровоцировала несколько стычек между сторонниками ДУМАЧР и ЦДУМ, чем сильно осложнила ситуацию в мусульманском сообществе области. В итоге администрация Челябинской области подписала соглашение о сотрудничестве с ЦДУМ, по которому его приоритетным партнером стало Региональное ДУМ Челябинской и Курганской областей. 4 июля 2000 года сотрудники УФСБ по Свердловской области задержали преподавателя медресе при мечети деревни Нижние Ари Ачитского района Махмутжана Сатимова. За месяц до этого генеральный прокурор Узбекистана официально обратился в Генеральную прокуратуру России с ходатайством о задержании и выдаче Сатимова, подозреваемого в совершении преступлений по статье 159 УК Республики Узбекистан «Посягательство на конституционный строй». В постановлении указывалось, что Сатимов с 1990 года активно занимался ваххабитской пропагандой среди населения Ферганской долины, а также принимал участие в массовых беспорядках, организованных религиозными экстремистами. Арест Сатимова наряду с появившимися слухами о связи лидеров Свердловского казыята ДУМАЧР и самого Аширова с идеологами свердловских сторонников «чистого ислама» чеченцем Ахметом Абуевым и алжирецем Рашидом Бенсхтиером испортили репутацию ДУМАЧР в глазах региональных властей, которые перестали оказывать ему приоритетную поддержку.
В Омской области в 2000 году сотрудники ФСБ задержали сразу двух имамов ДУМАЧР – Хаджи Худжаева и Мохаммада Шоймуродова. Имам ишимской общины ДУМАЧР Хаджи Худжаев был объявлен в международный розыск за преступления, направленные на насильственный захват власти в Узбекистане.
Примечательно, что его задержание производилось во время проходившего в Омске II курултая ДУМАЧР и фактически привело к срыву этого мероприятия. В свою очередь, имам омской мечети «Хаир-Ихсан» таджик Мохаммад Шоймуродов был арестован в декабре 2000 года за сбыт героина.
При этом Управление ФСБ по Омской области отметило, что мечеть «Хаир-Ихсан» является местом притяжения для «экстремистски настроенных «прихожан» из других регионов страны и даже из-за границы» и что Шоймуродов является уже вторым ее имамом, задержанным за оборот наркотиков. Интересно отметить, что лидеры подконтрольной ДУМАЧР общины «Хаир-Ихсан» принимали активное участие в борьбе против недружественного Совету муфтиев России лредседателя ДУМ Сибири муфтия Зулькарная Шакирзянова, в том числе используя существующие в регионе трения между казахами и татарами.