В республике начался затяжной конфликт двух исламских центров, который по прошествии 10 лет выглядит героической попыткой традиционных мусульман Чечни противостоять радикализации ее уммы. Борьба традиционных и продудаевских мусульман в Чечне развивалась на фоне роста междутейповых противоречий и нарастающего соперничества между двумя ведущими тарикатами республики – кадирийей и накшбандийей. К лету 1992 года Исламский центр Чечни в союзе с новообразованной организаций «Мехк Кхел» (Советом старейшин) решил покончить с муфтиятом и 4 июля 1992 года на созванном для такого случая съезде мусульман объявил о его роспуске. В свою очередь, руководители ДУМ ЧР незамедлительно объявили решения съезда незаконными и 6 августа 1992 года провели альтернативный съезд исламского духовенства. Этот съезд поддержал муфтия Магомеда-Башира Арсунукаева и объявил о расформировании Исламского центра Чеченской Республики, а также всех «исламских» политических партий и групп». Баланс сил в религиозной сфере временно восстановился, хотя противостояние ДУМ ЧР и Исламского центра Чеченской Республики обострилось до крайней степени. Параллельно с дудаевским переворотом в Чечне резко осложнилась ситуация и в новообразованной КарачаевоЧеркесской Республике. Многонациональную мусульманскую общину республики давно беспокоили трения между карачаевцами и черкесами, однако произошедший в ней конфликт не имел этнической подоплеки. Сторонами этого конфликта стали карачаевцы, разделившиеся на защитников ДУМ Карачаево-Черкесской Республики и Ставрополья во главе с муфтием Исмаилом Бердиевым и приверженцев альтернативных мусульманских центров: Оргкомитета мусульманских общин по строительству медресе в селе Учкекен и Совета имамов Малокарачаевского района, общее руководство над которыми осуществлял активист Исламской партии возрождения Мухаммад Биджиев, известный также под оперативными псевдонимами Мухаммад Карачай и Мухаммад Биджи-уллу. Требования, выдвигавшиеся оппозиционерами, носили в основном политический характер. 17 ноября 1991 года они организовали митинг, посвященный годовщине провозглашения Карачаевской Республики и объявил его бессрочным. Несмотря на то, что все ключевые посты в КарачаевоЧеркесской Республике заняли карачаевцы, сторонники Биджиева заявляли о продолжающейся дискриминации своего народа и требовали возродить мононациональную Карачаевскую Республику. 30 ноября в Карачаевске началось очередное собрание биджиевцев, провозглашенное I Съездом мусульман Карачая. На этом съезде было объявлено о создании нового религиозного центра – Имамата Карачая во главе с Биджиевым. Умеренные мусульмане республики, объединившиеся вокруг Черкесского муфтията, лишь с большим трудом смогли сохранить контроль над ситуацией. (За год до этого Чрезвычайный съезд карачаевских депутатов принял Декларацию о государственном суверенитете Карачаевской Республики. Интересно отметить, что на сепаратистские процессы в КарачаевоЧеркесской Республике активно влиял Джохар Дудаев.)11 декабря 1991 года в Черкесске прошел III Внеочередной съезд мусульман Карачаево-Черкесии и Ставрополья, на котором большинство исламских лидеров осудили действия Биджиева и призвали мусульман сохранять единство. Правительство республики, со своей стороны, поддержало муфтия Исмаила Бердиева и отказало в регистрации Имамату Карачая, который постепенно выродился в откровенно маргинальную структуру. Со временем ситуация в исламском сообществе Карачаево-Черкесии стабилизировалась, однако события осени 1991 года стимулировали появление в карачаевских селах Малокарачаевского и Карачаевского районов республики крупных общин ревнителей «чистого» ислама, известных как «карачаевские джамааты». Ответственность за их возникновение власти возлагали непосредственно на Биджиева-Карачая.
Между тем ситуация в других регионах Северного Кавказа пока оставалась спокойной. Автономные муфтияты были созданы в Ингушетии, Северной Осетии – Алании, Кабардино-Балкарии и Адыгее. Этим молодым ДУМам посчастливилось избежать серьезных внутренних проблем на начальном этапе своей истории и укрепить позиции в преддверии неизбежной атаки радикалов.
Таким образом, ни в Дагестане, ни в Чечне, ни в Карачаево-Черкесии ваххабитам и сторонникам политизации ислама не удалось столь же эффективно воспользоваться плодами распада СССР, как это сделали их единомышленники в Таджикистане. Традиционные мусульмане смогли отбить первые атаки и отсрочить угрозу междоусобной войны, однако время играло на руку их противникам.