Абдул-Вахед Ниязов, создавший в конце 1998 года движение «Рефах», также принял участие в формировании «Меджлиса», однако после переориентации этого блока на черномырдинский «Наш дом» резко охладел к детищу Рафикова. Как наиболее опытный из мусульманских политиков, он безошибочно определил фаворита предвыборной гонки – пропрезидентский блок «Единство» и успел ввести свой «Рефах» в его состав в статусе «блокообразующей партии». Дефицит известных людей в «Единстве» позволил Ниязову занять проходное место в уральском региональном списке и поставить на первые позиции в других региональных списках четверых своих сподвижников. Успех «Единства» на парламентских выборах обеспечил Ниязову место в Думе и вернул его в высший эшелон исламских лидеров. «Рефах» стал безусловным лидером мусульманской политики, в то время как остальные партии переживали состояние тяжелого упадка, за исключением разве что «Меджлиса». В конце октября 1999 года Центральная избирательная комиссия России отказала в регистрации федерального списка кандидатов в депутаты Государственной Думы, выдвинутого избирательным объединением «Движение «Hyp» («Свет»). Причиной отказа в регистрации стало несвоевременное внесение избирательного залога на избирательный счет, а также задержка с подачей первого финансового отчета. Аналитики охарактеризовали данный факт как поражение «Нура» в его давней борьбе с ИКЦ России и его дочерними организациями. Начало 2000 года выглядело для «Рефаха» и его лидера весьма многообещающим. При распределении думских постов Ниязов получил должность заместителя председателя Комитета по регламенту и обеспечению работы Госдумы и начал создавать свою собственную парламентскую фракцию. Часть соратников Ниязова, попав в Думу, предпочла отмежеваться от «Рефаха», однако ему удалось пополнить свои ряды за счет независимых депутатов. Политические успехи Ниязова позволили активизировать экспансию ДУМАЧР в азиатские регионы и заручиться поддержкой ряда губернаторов. Ощутимую пользу от пребывания Ниязова в парламенте извлекли и другие члены Совета муфтиев России. С другой стороны, успехи Ниязова привели к консолидации его противников. 12 февраля 2000 года в Москве прошел второй съезд Общероссийского союза общественных объединений «Меджлис», в котором приняли участие многие мусульманские духовные лидеры, в том числе – все руководство ЦДУМ. К «Меджлису» примкнул и лидер ДУМ Поволжья Мукаддас Бибарсов, еще с 1996 года питавший недоверие к политическим инициативам Ниязова. Съезд «Меджлиса» не изменил принципиального соотношения сил в политическом исламе, однако продемонстрировал решимость противников Ниязова продолжать борьбу на всех фронтах.
Первые признаки кризиса «Рефаха» стали заметны в августе 2000 года, после скандального II курултая ДУМАЧР.