ДУМ Дагестана существует за счет бизнесменов-мюридов шейха Саида-Афанди Чиркейского, среди которых стоит отметить директора Махачкалинского морского международного порта Абусупьяна Хархарова, на деньги которого существует веб-портал «Ислам.ру». В 2003 году широкую известность приобрел еще один спонсор ДУМ Дагестана – банкир Магомед Раджабов, «купивший» движение «Hyp» и преобразовавший его в Исламскую партию России. Впрочем, нередко представители деловых кругов не столько укрепляли, сколько разрушали единство российских мусульман. Так, в августе 1992 года муфтий Талгат Таджуддин заявил, что проведение съезда ДУМ РБ финансировал уфимский кооперативный банк «Восток», перечисливший 120 тысяч рублей новому муфтияту и оплативший аренду его штаб-квартиры, а ДУМ РТ было создано при активном содействии татарских националистов во главе с бизнесменами братьями Кашаповыми. На Северном Кавказе тяжелый урон от обанкротившегося банка «Нарт» понесло ДУМ Кабардино-Балкарской Республики, в 1995 году потерявшее более 80 млн. рублей, собранных на строительство Соборной мечети в Нальчике. Некоторые представители крупного и среднего бизнеса предпочитали вкладывать деньги в экстремистские организации либо структуры, противостоящие признанным муфтиятам. В 90-х годах клан махачкалинских бизнесменов Хачилаевых активно спонсировал ваххабитское подполье и скандально известный Союз мусульман России. Председатель Бадр-Форте-банка (Первого российского исламского банка) и лидер Гильдии деловых мусульман России Адалет Джабиев оплачивал некоторые проекты радикального философа Гейдар Джемаля, а президент группы «Плаза» и сенатор от Чечни Умар Джабраилов выступил инициатором создания Российского исламского наследия – организации, не скрывавшей своей глубокой враждебности к самому институту муфтиятов.
Для дружественных государственной власти мусульманских структур, к которым относятся почти все российские муфтияты, существует возможность поправить свое финансовое положение за счет бюджетных средств или денег, привлеченных с помощью власть имущих. В обмен за это федеральная власть требует от них полной лояльности и одобрения своих инициатив (например, борьбы с экстремизмом и терроризмом), а главы регионов, городов или иных населенных пунктов нередко просят от мусульман поддержки на выборах.
Первые централизованные транши были направлены мусульманским организациям в 1995 году и выглядели своеобразной компенсацией за потери, нанесенные им безбожной коммунистической властью. Больше всего денег досталось ДУМЦЕР – 3,5 млрд. рублей, ЦДУМ и ВКЦДУМР получили, соответственно, по 2,2 и 1,2 млрд., Мусульмане Северного Кавказа не получили денег вообще, хотя, возможно, это произошло по причине отсутствия у них единой централизованной организации. Как видно, при распределении траншей решающую роль сыграла близость их получателей к ключевым структурам федерального центра, поэтому впоследствии все мусульманские центры страны постаралась создать полноценные представительства в Москве.
В настоящее время режим наибольшего благоприятствования со стороны властей имеет ДУМ РТ, значительная часть затрат которого компенсируется властями Татарстана и администрациями его населенных пунктов. Так, комплекс Российского исламского университета, здание резиденции ДУМ РТ, а также значительная часть республиканских мечетей, включая помпезную «Кул-Шариф», были построены либо напрямую за счет республиканского правительства, либо путем добровольно-принудительного сбора денег с коммерческих организаций. Имамы бедных сельских приходов имеют возможность по совместительству устраиваться на относительно престижные должности агрономов или бухгалтеров, а в некоторых районах мусульманским организациям централизованно передается часть урожая. Делопроизводство и внешние связи Казанского муфтията осуществляются в тесном взаимодействии с местными госструктурами, что позволяет значительно повышать их эффективность и не тратить средства на оплату высококвалифицированных специалистов.