Первые и самые тяжелые расколы, поразившие российскую умму в начале 90-х годов, практически не имели религиозной составляющей. На начальном этапе исламского возрождения мусульмане не делили друг друга по вероисповедной принадлежности, а привнесенное зарубежными миссионерами салафитское движение еще не приобрело сколько-нибудь заметного влияния. Тем не менее, уже к 1997 году в некоторых региональных уммах именно религиозный фактор стал главным катализатором внутримусульманских разделений, а еще через несколько лет он вышел на первое место по своим деструктивным последствиям для единства всей российской уммы.
Раскол российских мусульман на религиозной почве в первую очередь стал следствием агрессивной миссионерской деятельности салафитов, которые видели в инакомыслящих мусульманах стихийных язычников, нуждающихся в немедленном приобщении к ценностям «чистого» ислама.
Многочисленные группы салафитов не имели единого координационного центра и разнились по своим идеологическим установкам, однако все их последователи получили прозвище ваххабитов, которое прочно вошло в современный русский язык. Как правило, под ваххабитами в России понимаются люди, называющие себя приверженцами салафизма, «саф ислама» или «чистого» ислама, ханбализма, хабашизма, таблигизма, нурсизма, «исламских джамаатов»,
«внемазхабного» суннизма, воинствующего шиизма, а также партии «Хизбут-Тахрир» и ее многочисленных клонов.
Для такого рода группировок свойственны нетерпимое отношение к инакомыслящим и инаковерующим, стремление к созданию «шариатского» государства, уверенность, что они ведут джихад против безбожной власти, и склонность к силовым методам в миссионерской работе. Многие ваххабитские группы признают терроризм самым эффективным способом достижения поставленных целей.
По разным оценкам, ваххабиты составляют от 2 до 10% всех российских мусульман (соответственно, от 300 до 1500 тыс. человек). Их доля наиболее высока среди мусульман Чечни, Дагестана, Кабардино-Балкарии, Карачаево-Черкесии и Ставропольского края, а также среди новообращенных мусульман (в последнем случае она достигает 50-60%).
Помимо ваххабитов, к нетрадиционному для России исламу можно отнести новые религиозные движения исламского происхождения: секты ахмадийя, Вера Бахаи и СУБУД, различные неосуфийские движения, а также небольшие сектантские группировки российского происхождения. Последователи этих течений, как правило, не склонны к экстремизму, что позволяет отнести их к умеренному крылу нетрадиционных мусульман. Общая численность их адептов не превышает 20 тыс. человек, сосредоточенных преимущественно в крупных городах.
Противостояние традиционных и нетрадиционных для нашей страны мусульман усугубилось конфликтами в среде самих традиционалистов. Трения между суннитами и шиитами, ханафитами и шафиитами, различными суфийскими тарикатами, а также между тарикатами и муфтиятами не позволили им объединиться против ваххабитов, которые, наоборот, выступили единым фронтом.
Как уже упоминалось выше, наиболее серьезным идеологическим вызовом целостности российского ислама стал вызов радикального ислама, который исламоведы называют салафизмом или «чистым исламом», а традиционные мусульманские лидеры – ваххабизмом. История салафизма началась в XVIII веке, когда ханбалитский проповедник Мухаммед ибн Абд аль-Ваххаб провозгласил, что ислам после смерти пророка Мухаммеда был извращен и поэтому необходимо вернуться к истокам. Новое течение по отчеству своего основателя получило название ваххабизма – ведь называть его мухаммадизмом было бы крайне некорректно. Главной чертой нового течения стало крайне буквалистское и примитивное толкование Корана, породившие отрицание значительной части мусульманской вероучительной литературы, а также целого ряда догматов и обрядов, определенных как «бида» – запрещенные нововведения. Опираясь на свое видение Корана, ваххабиты антропоморфизировали Аллаха, запретили почитание умерших в любой форме и объявили целый ряд направлений ислама еретическим, приравняв их последователей к «неверным». Особую ненависть у ваххабитов вызывали шииты и суфии, практиковавшие почитание святых мест, полумистические формы богослужений и аскетизм. В начале XIX веке ваххабиты захватили Мекку и Медину, нанеся этим городам немалый урон. Ими была осквернена Кааба, полностью уничтожена могила матери пророка Мухаммеда (Планировалось даже уничтожение могилы самого пророка, которую спасло только вмешательство Кемаля Ататюрка), разграблена сокровищница Запретной мечети.