В других северокавказских республиках экспансия «чистого ислама» оказалась не такой масштабной, как в Дагестане и Чечне. Республика Адыгея вообще смогла избежать этой проблемы, а в Ингушетии зарождавшееся салафитское движение было быстро локализовано совместными усилиями мусульманского духовенства и светских властей. Оставшиеся три республики – Карачаево-Черкесия, Кабардино-Балкария и Северная Осетия понесли от ваххабитов существенные потери, однако сумели маргинализировать это течение и приравнять его приверженцев к обычным бандитам. История ваххабитского движения в Карачаево-Черкесии, Кабардино-Балкарии и Северной Осетии восходит к 1990 году, когда активист Исламской партии возрождения Мухаммед Биджиев (известный также как Мухаммад Карачай и Мухаммад Биджи-уллу) основал в Карачаево-Черкесской АО первые джамааты. Осенью 1991 года их активисты составили костяк движения за восстановление Карачаевской Республики, в которой предполагалось создать автономную от ДУМ Карачаево-Черкесской Республики и Ставрополья мусульманскую структуру – Имамат Карачая во главе с Биджиевым.
После действенных мер, предпринятых властями Карачаево-Черкесской Республики и Черкесским муфтиятом, ситуация в южных районах республики была урегулирована.
Имамат Карачая, правда, просуществовал до 1993 года, после чего Биджиев переехал в Москву и сосредоточился на работе в Межрегиональной исламской организации. В декабре 1999 года он был арестован ФСБ по подозрению в причастности к организации серии терактов, однако вскоре был освобожден и в 2004 году стал заместителем председателя ДУМЕР и генеральным секретарем Совета муфтиев России. После отъезда Биджиева ваххабитское движение в республике возглавил уроженец села Учкекен Рамазан Борлаков, близкий соратник чеченского полевого командира Хаттаба. К 1999 году ваххабиты, действовавшие преимущественно в карачаевской части республики, стали реальной угрозой не только для духовной, но для светской власти, повторяя в своем развитии кадарский сценарий.
Террористические акты в Москве и последовавшая за ним вторая чеченская кампания привлекли к карачаевским ваххабитам внимание московских спецслужб, получивших информацию о воюющем в Чечне «карачаевском батальоне», а также обнаруживших «карачаевский след» в деле о взрывах московских домов. В свою очередь, правительство Карачаево-Черкесии отрицало наличие в своей республике крупной группы ваххабитов и утверждало, что вообще не видит в их деятельности серьезной угрозы для безопасности республики. Ситуация принципиально изменилась весной 2001 года, когда президент Карачаево-Черкесской Республики Владимир Семенов был вынужден заявить, что одной из главных проблем сейчас является борьба с религиозным экстремизмом, и признал, что численность активных ваххабитов в республике значительно превышает приводившуюся до этого цифру в 200 человек. Были предприняты профилактические меры по противодействию экстремистским группам, в частности, закрыто несколько общин в Малокарачаевском районе и приостановлена работа медресе в селе Учкекен. Повидимому, особого эффекта эти меры не возымели, поскольку 16 августа 2001 года генеральный прокурор РФ Владимир Устинов сделал заявление о предотвращении попытки государственного переворота в Карачаево-Черкесии и Кабардино-Балкарии. Он сообщил, что целью этого мятежа было свержение законных властей и установление ваххабитского режима с последующим созданием объединенного теократического государства. В настоящее время карачаевские ваххабиты понесли заметные потери и несколько снизили свою активность, в то время как их соратники из соседней Кабардино-Балкарии, наоборот, перешли в наступление. В этой республике салафитское движение зародилось несколько позже и развивалось в тесном контакте с карачаевским, во многом повторяя его путь. Центром «чистого ислама» в республике стал Эльбрусский район, населенный преимущественно балкарцами. Правительство и традиционное исламское духовенство Кабардино-Балкарии сразу отнеслись к росту исламского экстремизма со всей серьезностью и смогли частично локализовать его распространение.5 мая 2001 года республике был принят антиваххабитский закон «О запрете экстремистской религиозной деятельности и административной ответственности за правонарушения, связанные с осуществлением религиозной деятельности». Принятые меры, правда особого результата не дали – ваххабитские джамааты, самым известным из которых стал джамаат «Ярмук», продолжали активную работу, которая нередко выражалась в акциях бандитизма и терроризма.