Впрочем, и здесь ваххабиты встречались не только среди прихожан мечетей. 20 февраля 2006 года сотрудники правоохранительных органов задержали имама одной из мечетей города Карачаевска, у которого нашли автомат и две гранаты. А за месяц до этого был арестован имам пятигорской мечети Абдулла-Антон Степаненко, обвиненный в похищении людей, незаконном хранении взрывчатых веществ, подделке документов и распространении экстремистской литературы. Вечером 9 февраля 2006 года в селе Тукуй-Мектеб Нефтекумского района Ставропольского края начался бой между спецподразделениями и боевиками местного ваххабитского джамаата. Бой продолжался почти сутки, спецназ уничтожил восьмерых боевиков, семеро спецназовцев погибли, шестеро получили ранения. Это происшествие наглядно показало, что и ваххабитский «Ногайский батальон» рано списывать со счетов.
В 2005 году свои посты оставили муфтий Чечни Ахмад Шамаев, который уехал из республики и стал советником Равиля Гайнутдина и муфтий Северной Осетии Руслан Валгасов, сохранивший свои позиции в Совете ДУМ Республики Северная Осетия – Алания. Их преемниками стали Султан Мирзоев, бывший председатель шариатского суда Ичкерии и сподвижник Ахмада Кадырова, и имам-хатыб владикавказской Соборной мечети Магомед Тавказахов. В марте 2006 года появились слухи и об уходе бессменного лидера ДУМ Карачаево-Черкесской Республики и Ставрополья муфтия Исмаила Бердиева, однако съезд оказал ему доверие и переизбрал на новый срок. 2 июня 2006 года были продлены полномочия Бердиева и как председателя КЦМСК. Таким образом, ситуация на Северном Кавказе оставалась очень тяжелой. Традиционное мусульманское духовенство проигрывало войну экстремистам и сдавало все новые позиции. Самым болезненным для них стало поражение в информационной войне, которая, впрочем, велась в одностороннем порядке. Из-за этого даже такая психологически важная победа, как разгром боевиков в Нальчике, не возымела надлежащего пропагандистского эффекта. К середине 2006 года ваххабиты усилились настолько, что любой момент могли реализовать еще более крупные акции.
В июне 2005 года главным событием для Поволжской уммы стало празднование 1000-летия Казани и торжественного открытия в этом городе мечети «Кул-Шариф», ставшей самым дорогостоящим мусульманским храмом за новейший период истории. 24 июня в столицу Татарстана съехались все лидеры татарских и башкирских мусульман, включая Равиля Гайнутдина и Талгата Таджуддина. Как и следовало ожидать, главная роль в церемонии открытия была отведена председателю Совета муфтиев России, который к этому времени заметно упрочил свои позиции. Из мусульманских духовных лидеров он выступил первым и, воспользовавшись случаем, вручил президенту Татарстана Минтимеру Шаймиеву орден «Аль-Фахр» первой степени. «Аль-Фахр» второй степени получил генеральный директор акционерного общества «Татнефть» Шафагат Тахаутдинов, являвшийся главным спонсором строительства «Кул-Шарифа». После церемонии открытия сопредседатели Совета муфтиев собрались на совещание, в ходе которого предполагалось принять некоторые решения по строптивому муфтию Исмаилу Шангарееву, который никак не хотел согласовывать свои действия с Равилем Гайнутдином. Начали сгущаться тучи и над головой татарстанского муфтия Гусмана Исхакова, которого все чаще критиковали как оппозиционные имамы, так и влиятельный советник президента Татарстана Рафаэль Хакимов, особенно недовольный положением дел в Российском исламском университете. Активно распространились слухи о том, что судьба Гусмана Исхакова решена и на следующем съезде ДУМ РТ его сменит новоназначенный имам-хатыб мечети «Кул-Шариф» Рамиль Юнусов.