На этом съезде наиболее ярко проявилось соперничество между ЦДУМ РСФСР и ЦДУМ БАССР, искусственно подогреваемое органами советской власти. 1927 год стал годом начала решительной борьбы против ислама: повсеместно были закрыты медресе, коренным образом изменены школьные программы (в их основу был положен принцип атеистического воспитания детей), начали уничтожаться мечети как рассадники «религиозных пережитков прошлого». К 1930 году было закрыто 87% мухтасибатов, более 70% мечетей, от 90 до 97% мулл и муэдзинов лишены возможности осуществлять свою деятельность. Советская власть прилагала все усилия, чтобы ослабить мусульманские структуры, и сознательно разжигала конфликт между ЦДУМ РСФСР и ЦДУМ БАССР. Однако даже перед лицом общей опасности эти управления не смогли забыть свою вражду и менее чем за десять лет пришли в полный упадок. В 1936 году ЦДУМ БАССР прекратило свое существование, и только Великая Отечественная война спасла от полного исчезновения ЦДУМ РСФСР. 25 октября 1948 года в Уфе открылся IV Всероссийский съезд мусульманского духовенства, по итогам которого ЦДУМ РСФСР было переименовано в Духовное управление мусульман Европейской части СССР и Сибири (ДУМЕС).
Новый устав муфтията, принятый на том же съезде, лишал его многих полномочий: права выдачи разрешений на открытие новых приходов, образования мухтасибатов, ведения метрических книг, открытия духовных школ и курсов по подготовке служителей культа, организации мероприятий по улучшению материального положения мусульманского духовенства. К этому времени Уфимский муфтият уже не был единственной централизованной мусульманской организацией в СССР. В 1944 году уцелевшие мусульманские общины республик Северного Кавказа были объединены в ДУМ Северного Кавказа (ДУМСК) с центром в Махачакале. Несколько позже аналогичные структуры появились в Средней Азии и Закавказье. Таким образом, мусульманское сообщество СССР было окончательно упорядочено и по национально-географическому признаку разделено на четыре сферы влияния, контроль над которыми возлагался на четыре муфтията.
Все председатели САДУМ были узбеками.
Фактически Совет по делам религий СССР рассматривал САДУМ как головную мусульманскую структуру страны, так как в его подчинении находилось наибольшее количество общин, а также единственные мусульманские учебные заведения страны – бухарское среднее медресе «Мир-Араб» и ташкентский Исламский институт. Кроме того, хорошо сохранившиеся памятники мусульманской культуры в Бухаре, Самарканде, Ургенче и Туркестане были особенно привлекательны для зарубежных делегаций.
По традиции первым заместителем шейх-уль-ислама был суннит, носивший духовное звание муфтия. Впоследствии звания муфтиев получили также представители ДУМЗАКа в Тбилиси и в Батуми. Центральный аппарат ДУМЗАКа разместился в Баку.
По своему религиозному составу оно было ханафитским.
Резиденция его председателя, носившего духовное звание муфтия, находилась в Уфе. Все председатели ДУМЕСа были татарами.