Наряду с внешним нажимом активизировалась оппозиция внутри страны. В борьбе против Народного единства применялись самые разнообразные методы: откровенная клевета в СМИ, блокирование законопроектов правительства Альенде в конгрессе, организация черного рынка и широкомасштабной спекуляции, экономический саботаж, организация забастовок, покушения на деятелей Народного единства. В октябре 1972 г. и июле 1973 г. состоялись крупные забастовки предпринимателей мелких собственников, служащих, владельцев грузовиков с целью дестабилизировать экономику и оказать давление на правительство. В 1971 и 1973 гг. были раскрыты заговоры военных, а 29 июня 1973 г. подавлен антиправительственный танковый мятеж.
В этих условиях принципиально важное значение приобретал вопрос о массовой поддержке Народного единства. Наибольший удельный вес в структуре самодеятельного населения Чили занимали средние слои. Поначалу они поддержали правительство С. Альенде. Однако оппозиция, откровенно спекулируя на экономических трудностях, сумела постепенно увести эту многочисленную социальную группу от поддержки Народного единства. «Битву за средние слои» удалось выиграть правым.
Правительство не могло полностью контролировать ситуацию и наказывать виновных с помощью закона, так как у Народного единства не было большинства в конгрессе, а оппозиция контролировала суды и средства массовой информации (80 % СМИ находилось в руках олигархии).
Среди участников Народного единства появились разногласия о ходе дальнейших преобразований. Часть социалистов и ультралевых деятелей выступала за скорейший переход к социалистическим преобразованиям, за дальнейшую экспроприацию частных собственников. Другая часть социалистов совместно с коммунистами настаивали на сохранении смешанной экономики с сильным государственным сектором. Различными были мнения и по вопросу о вхождении военных в правительство. При отсутствии полноты власти у Народного единства эти разногласия еще больше осложняли обстановку.
В марте 1973 г. состоялись парламентские выборы. За Народное единство проголосовало около 44 % избирателей, оппозиция не смогла набрать необходимых ей 2/3 голосов для «законного» отстранения от власти правительства Альенде. Результаты выборов окончательно склонили оппозицию к решению свергнуть Народное единство путем военного переворота.
Поскольку правительство Альенде соблюдало «статут конституционных гарантий» и действовало в рамках закона, вооруженные силы Чили и особенно так называемый «конституционалистский сектор» оставались лояльными по отношению к Народному единству. В ноябре 1972 г. командующие ВВС, ВМС и сухопутными силами вошли в правительство, но в марте 1973 г. из-за обострившихся разногласий с представителями социалистической партии военные из правительства ушли. Это ослабило позиции Народного единства и облегчило организацию заговора внутри армии. Число сторонников Альенде в армии постепенно сокращалось. Генералы-заговорщики добились ухода сторонников Альенде с высших командных постов. В конце августа 1973 г. получил отставку генерал К. Пратс, на посту главнокомандующего сухопутной армии его заменил генерал А. Пиночет, сумевший продемонстрировать Альенде свою показную преданность.
Правая оппозиция, включавшая крупную и среднюю буржуазию, латифундистов, большинство средних слоев, смогла выступить против правительства Альенде единым фронтом, к тому же не без помощи США. Соотношение социальных сил для Народного единства становилось неблагоприятным. Изолировав конституционно-демократическую часть армии, 11 сентября 1973 г. заговорщики подняли вооруженный мятеж. Танки и военная авиация начали обстрел и штурм президентского дворца Ла-Монеда. Президент С. Альенде отказался уйти в отставку, он погиб на своем посту с оружием в руках. К власти пришла военная хунта во главе с генералом Аугусто Пиночетом Угарте (род. в 1915).