Проведенные исследования современной фауны позволили получить картину приуроченности населения мелких млекопитающих бассейна Ануя к различным типам растительных ассоциаций. В районе работ выделяются несколько типов ассоциаций: пойменно-луговые, лугово-степные, лиственнично-березовые леса, березово-сосновые леса, кедровые леса, мохово-кустарничковые субальпийские, горно-степные петрофильные, нивальные осоково-злаковые. Их территориальное распределение связано с абсолютной высотой над уровнем моря, с положением в рельефе, склоновой экспозицией, почвенным покровом и другими факторами. Каждое из перечисленных растительных сообществ обладает некоторой внутренней структурой и единством. Кроме того, каждое из них отличается только для него характерным населением мелких млекопитающих. Выделены следующие индикаторные типы населения мелких млекопитающих:
1) сообщество полевки экономки — красной (рыжей) полевки для пойменнолуговых биотопов;
2) сообщество полевой мыши — обыкновенной полевки для лугово-степных биотопов;
3) сообщество темной полевки — красной полевки для лиственничноберезовых лесов;
4) сообщество лесной мыши — красной полевки для березово-сосновых лесов;
5) сообщество красной полевки для кедровых лесов;
6) сообщество узкочерепной полевки — красной для мохово-кустарничковых субальпийских ассоциаций;
7) сообщество скальной плоскочерепной полевки для петрофитных горностепных биотопов;
8) сообщество узкочерепной полевки для осоково-злаковых растительных ассоциаций высокогорий.
Названные сообщества отличают определенный состав и численное соотношение видов мелких млекопитающих.
Наиболее многочисленной группой в современной фауне региона являются красные (или рыжие) полевки рода
Второй по численности группой являются серые полевки рода
На сухих склонах, поросших акацией и спиреей обычны мыши
Остальные виды мелких млекопитающих представляют в отловах менее 3 %, что однако не отражает их реальной значимости в сообществах. Так бурундук
Пищуха отсутствует непосредственно в долине Ануя. Однако небольшая колония
Изучение современной фауны летучих мышей бассейна Ануя было начато в 2001 году. В долине р. Ануй, по долинам Каракола и ручья Пещерского, у пещеры Каминная и пещеры Музейная В. В. Росиной были отловлены следующие виды:
бурый ушан
ночница Брандта
прудовая ночница
водяная ночница
двуцветный кожан
северный кожанок
сибирский трубконос