С 1653 г. с невероятной скоростью начали строительство монастыря, к осени освятили два деревянных храма – во имя Иверской иконы Божией Матери и митрополита Московского Филиппа, затем возвели братские кельи и хозяйственные службы. В 1654 г. в главный монастырский собор перенесли святые мощи Иакова Боровичского (известного на Новгородской земле с 1541 г.). В 1655–1656 гг. построили каменный Успенский собор (зодчие Аверкий Макеев и Иван Белозер). В 1656 г. в монастырь перенесли написанную для него копию чудотворной Иверской иконы. К этому времени Никон освятил Валдайское озеро, которое стали называть Святым (до этого местные жители верили, что в этом озере живет чудовище, и поначалу боялись ходить в монастырь, расположенный на озерном острове). Все это определило название созданной обители: Валдайский Иверский Свято-Озерский Богородицкий мужской монастырь.
По распоряжению Никона в этот монастырь перевели монахов из Белорусской – Оршанской Кутеинской обители, которые наладили в нем книгопечатание. Местная типография стала вторым на Руси издательским предприятием после государева Печатного двора в Москве. В Иверском Валдайском монастыре стали печатать богословские и церковные книги, в том числе сочинения самого владыки Никона. Со временем по его распоряжению здесь также возвели каменную трапезную палату с церковью в честь Богоявления, колокольню с тысячепудовым колоколом и патриаршие покои.
Получилось, что, будучи митрополитом Новгородским, владыка Никон хотел основать и построить на Новгородской земле новый монастырь, а будучи Патриархом (см. с. 160), через проверенных людей и письменные послания следил за жизнью этого монастыря. А когда он оставил Патриаршество и удалился в подмосковный Новоиерусалимский монастырь, то в 1659 г. несколько месяцев жил в Иверском Валдайском монастыре.
Опала и смерть патриарха Никона, а также кончина царя Алексея Михайловича лишили монастырь его главных покровителей, и в ХVIII в. он пришел в упадок, даже одно время был закрыт (во время опалы Никона в 1666–1668 гг. все патриаршие монастыри, в том числе и Иверский, были закрыты, как созданные не по «уставам святых отцов»). С 1668 г. Валдайский Иверский монастырь стал действовать в обычном режиме как рядовая православная обитель. Большой ущерб монастырю наносили пожары (ХVII, ХVIII вв.); после страшного пожара 1704 г. главный храм восстановили только в 1710 г. и заново его освятили в честь Успения Божией Матери. В ХVII – ХIХ вв. в монастыре возвели также собор Богоявления Господня, 3-этажный корпус с настоятельскими и братскими кельями, два 2-этажных братских корпуса, гостиничный корпус, колокольню, ворота с храмом Архистратига Михаила и святые ворота с надвратным храмом святителя Филиппа, митрополита Московского, а также храм Иакова Боровичского с 2-этажным корпусом больничных келий, возвели и украсили внушительную каменную ограду с 6-ю башнями. Монастырь владел обширными земельными угодьями, имел подворья в Москве, Новгороде и 2 часовни в Валдае. В нем в начале ХХ в. жили 70 насельников. За всю свою историю этот монастырь выделялся среди других высокими примерами духовнорелигиозной жизни братии (молчальник Пахомий, архимандрит Лаврентий и др.).
Иверский Валдайский монастырь с ХVII в. занял особое место среди монастырей в России. Во-первых, в нем пребывал особо почитавшийся список Иверской иконы Божией Матери (покровительницы Москвы); во-вторых, этот монастырь стал центром по производству высококачественных изразцов, прославился искусной резьбой по дереву и камню; в-третьих, по воле владыки Никона, в нем открыли первую в российской провинции типографию (патриарх Никон со временем перевел ее в Москву); в-четвертых, он славился образцовой духовно-религиозной жизнью. В Иверском монастыре были возведены и очень богато украшены, славились высочайшего уровня церковными богатствами все пять храмов. В Успенском соборе пребывали чудотворная икона Иверской Божией Матери, в серебряной раке почивали открыто мощи преподобного Иакова Боровичского, находились в серебряных ковчегах частицы мощей 48 святых, висели портреты патриарха Никона и царя Алексея Михайловича Романова. Монастырская ризница обладала исключительными богатствами.
После 1917 г. монашеская жизнь в обители стала затухать. В 1921 г. монастырь преобразовали в трудовую артель и в конце 1920-х гг. закрыли. Затем в монастырских строениях открыли тюрьму, в период Великой Отечественной войны 1941–1945 гг. в нем размещался госпиталь, в послевоенный период, сменяя друг друга, в нем работали дом инвалидов – участников войны, лесная школа для детей, больных туберкулезом, детский туберкулезный санаторий, база отдыха, дом отдыха. В 1991 г. Валдайский Иверский монастырь вернули Русской православной церкви. Пока в нем живут менее двух десятков насельников (15 человек в 2000 г.).