Как установлено в ходе расследования, отдавая генералу армии Плиеву распоряжение об освобождении здания горкома КПСС и площади от митингующих, члены Президиума ЦК КПСС с целью пресечения митинга и дальнейших беспорядков в городе приняли решение применить оружие против собравшихся на площади людей.
Однако, учитывая негативное отношение командования округа к использованию войск для наведения порядка, указание о применении оружия на поражение было отдано представителями высших партийно-государственных органов не Плиеву и его подчиненным, а не установленным следствием должностным лицам другого ведомства, которым могло быть КГБ при СМ СССР или МВД РСФСР. В соответствии с приказом этих должностных лиц на верхних этажах и чердаках (крышах) выходящих на площадь зданий, в частности, горкома КПСС и горкома ВЛКСМ, разместились стрелки, вооруженные ручными пулеметами и снайперскими винтовками, которые по команде открыли огонь по людям на площади в тот момент, когда военнослужащие у здания горкома КПСС вели предупредительную стрельбу из автоматов в воздух.
Анализ приведенных выше доказательств безусловно свидетельствует о том, что руководство всеми действиями по наведению порядка в г. Новочеркасске осуществлялось членами Президиума ЦК КПСС во главе с Ф.
Р. Козловым.И в Постановлении, и в итоговой по результатам следствия статье, напечатанной в газете «Молот» 17 октября 1995 г., выдержки из которой приводятся ниже, руководитель следственной группы Юрий Баграев очень много внимания уделяет версии о «подставленной» армии.