22 ноября 1994 г. Ельцин восстанавливает Следственное управление ФСК. Лефортовская тюрьма вновь передается спецслужбе.
24 ноября 1994 г. Организованный ФСК штурм Грозного терпит сокрушительный провал.
3 апреля 1995 г. ФСК переименована в ФСБ — Федеральную службу безопасности.
14 июня 1995 г. Чеченские боевики, возглавляемые Шамилем Басаевым, захватывают больницу в городе Буденновске. 19 июня, после провала штурма здания, российские власти вынуждены позволить Басаеву (вместе с несколькими заложниками) вернуться в Чечню. Общее количество жертв — 129 человек.
9—18 января 1996 г. Салман Радуев возглавляет атаку на город Кизляр в Дагестане — республике, пограничной с Чечней. Российская армия, силы спецназа и специальные подразделения ФСБ окружают и штурмуют боевиков, однако радуевцам удается бежать в Чечню.
31 августа 1996 г. В городе Хасавюрт подписывается соглашение о прекращении боевых действий. Хасавюртовские соглашения знаменуют конец Первой чеченской войны и предусматривают вывод федеральных войск из Чечни к 31 декабря 1996 г.
Сентябрь 1997 г. Создается специальное подразделение по борьбе с организованной преступностью — УРПО (Управление по разработке и пресечению деятельности преступных организаций).
6 июля 1998 г. Создается Управление по защите конституционного строя. УРПО распускается. Управление экономической контрразведки преобразуется в Управление экономической безопасности.
25 июля 1998 г. Владимир Путин назначен директором ФСБ.
8 октября 1998 г. Сформирован Центр специального назначения ФСБ. В него входят два управления — «Альфа» и «Вымпел». В июле 1999 года два спецподразделения, находившиеся в ведении УФСБ по Москве и Московской области и Управления экономической контрразведки, также передаются в состав Центра.
3 апреля 1999 г. Управление экономической безопасности подвергается реорганизации, созданы Управление по контрразведывательному обеспечению предприятий промышленности (Управление «П»), Управление по контрразведывательному обеспечению транспорта (Управление «Т»), Управление по контрразведывательному обеспечению кредитно-финансовой системы (Управление «К») и Управление по борьбе с контрабандой и незаконным оборотом наркотиков (Управление «Н»),
16 августа 1999 г. Николай Патрушев сменяет Путина на посту директора ФСБ.
28 августа 1999 г. Образовано Управление по защите конституционного строя и борьбе с терроризмом на базе Департамента по борьбе с терроризмом и Управления конституционной безопасности. Первый раз в российской истории функции борьбы с терроризмом и политического сыска объединяются в одном подразделении спецслужбы.
9 сентября 1999 г. Взрыв жилого здания на юго-востоке Москвы, 94 человека погибли. Спустя четыре дня, 13 сентября взрыв большой силы в подвале жилого дома на Каширском шоссе на юге Москвы, 118 жертв.
16 ноября 1999 г. Создается Управление программ содействия ФСБ. В состав нового управления входит Центр общественных связей (пресс-служба).
7 февраля 2000 г. Путин, премьер-министр и и.о. президента, подписывает «Положение об управлениях (отделах) ФСБ РФ в Вооруженных Силах РФ, других войсках, воинских формированиях», дающее военной контрразведке право выявлять потенциальные угрозы режиму в войсках.
26 марта 2000 г. Путин избран президентом России.
22 января 2001 г. На ФСБ возложено руководство антитеррористической операцией в Чечне.
24 апреля 2001 г. Николай Патрушев подписывает приказ, регулирующий правила прикомандирования офицеров ФСБ к госструктурам, организациям и компаниям.
23 октября 2002 г. Чеченцы захватывают театральный центр на улице Дубровка в Москве. Трагедия, вошедшая в историю как осада «Норд-Оста», продолжается в течение трех дней. 26 октября спецподразделения ФСБ предпринимают штурм театра. 130 жертв, большинство погибших отравились фентанилом — газом, использовавшимся при штурме.
11 марта 2003 г. Президент Путин распускает ФАПСИ и Пограничную службу в качестве независимых агентств. Пограничные войска включаются в состав ФСБ; ФАПСИ поделено между ФСБ и Федеральной службой охраны. В тот же день создается Управление авиации ФСБ.
30 июня 2003 г. Принята поправка к закону «Об органах Федеральной службы безопасности РФ», в соответствии с которой в ФСБ создается специальное подразделение внешней разведки.
4 июля 2003 г. Руководство Региональным оперативным штабом по управлению контртеррористическими операциями в Чечне передано от ФСБ Министерству внутренних дел.
И июля 2004 г. Путин проводит структурные изменения в ФСБ. Сокращается число заместителей директора, департаменты переименовываются в службы.
1—3 сентября 2004 г. Чеченские террористы захватывают школу в Беслане, Северная Осетия. 334 погибших.
12 июля 2005 г. Указом президента все тюрьмы ФСБ, включая Лефортово, предписано передать в ведение Министерства юстиции. Распоряжение президента выполняется в январе 2006 г.