Политической целью боснийских сербов и боснийских хорватов, спонсируемых соответственно Сербией и Хорватией, были «этнические чистки». Экспертная комиссия ООН определяет этот феномен как «использование силы или угроз для изгнания лиц, входящих в те или иные группы, из какого-либо района, с тем чтобы сделать его этически однородным». Они хотели создать этнически однородные территории, которые в конечном счете вошли бы в состав Сербии и Хорватии, и разделить этнически неоднородную Боснию и Герцеговину на сербскую и хорватскую части. Для оправдания этих целей они использовали язык самоопределения, который был взят из прежней коммунистической риторики, касавшейся национально-освободительных войн в третьем мире. Цель боснийского правительства, контролируемого боснийскими мусульманами, состояла в сохранении территориальной целостности Боснии и Герцеговины, так как в Боснии и Герцеговине большинство населения составляли мусульмане, терявшие от территориального раздела больше других. Время от времени боснийское правительство было готово рассматривать идею исламского государства из оставшихся мусульман или идею этнической кантонизации.
Этнические чистки были характерной чертой восточноевропейского национализма в XX веке. Впервые этот термин был употреблен для описания изгнания греков и армян из Турции в начале 1920-х годов. Этнические чистки имеют множество различных форм, начиная с экономической и правовой дискриминации и кончая шокирующими формами насилия. После выборов 1990 года Хорватия практиковала более мягкую форму: сербы начали терять свои рабочие места, в районах с сербским большинством были заменены сербские полицейские. Та форма насильственных этнических чисток, которой было суждено стать типичной для войны в Боснии и Герцеговине, впервые была использована хорватскими сербами вместе с Югославской народной армией (ЮНА) и различными военизированными формированиями, получила систематическое употребление у боснийских сербов и их союзников в Боснии и Герцеговине и была заимствована хорватами в Боснии и Герцеговине и в Хорватии.
Как можно объяснить эту форму вирулентного этнического национализма? Господствующее восприятие этой войны выражается терминами «балка-низация» или «трайбализм». Балканы, находящиеся в месте слияния цивилизаций и столетиями зажатые между изменчивыми границами Османской и Австро-Венгерской империй, надо полагать, всегда характеризовались этническими расколами и соперничеством, древней враждой, подспудно дожившей до настоящего времени. В коммунистический период эти разногласия на время были подавлены только для того, чтобы вновь заявить о себе на первых же демократических выборах. В качестве фактического подтверждения подобного взгляда широко цитируется «Письмо, датированное 1920 годом», короткий рассказ, написанный Иво Андричем между двумя мировыми войнами. В этом рассказе молодой человек решает навсегда уехать из Боснии, потому что она—«страна страха и ненависти».
Подобное восприятие этой войны, очевидное, например, в книге Дэвида Оуэна, пронизывало европейские политические круги и ощущалось в переговорах на высшем уровне. Некоторые стороны конфликта сами умышленно подпитывали его. Так, Караджич, лидер боснийских сербов, сравнивал сербов, хорватов и мусульман с «кошками и собаками», а Туджман, хорватский президент, неоднократно подчеркивал, что сербы и хорваты не могут жить вместе, так как хорваты — европейцы, а сербы — восточные люди, наподобие турок или албанцев. (Похоже, что ему, по крайней мере временами, кажется, что с мусульманами можно сосуществовать, так как в его глазах они на самом деле хорваты, а Хорватия и Босния и Герцеговина традиционно едины. С другой стороны, сербы считают, что мусульмане подобны туркам, иными словами, подобны самим сербам, согласно хорватским представлениям! Более того, еще один аргумент, распространенный среди сербских интеллектуалов, состоял в том, что мусульмане — это на самом деле сербы, которые при османах были обращены в ислам.)