Вплоть до 1991 года ЮНА оставалась югославским образованием. Армия контролировала сеть взаимосвязанных баз, оружейных складов и предприятий, которые, в отличие от остальной экономики, были организованы на общеюгославской основе. Несмотря на то что партизанская стратегия, придавшая форму организации ЮНА, основывалась на децентрализованных локальных боевых единицах, общий контроль оставался централизованным на югославском уровне. В момент, когда в других сферах общественной жизни югославизм шел на убыль, среди офицеров ЮНА, 70% которых были сербами или черногорцами, он продолжал расти. На содержание ЮНА шла основная часть федерального бюджета, и к 1991 году казалось, будто ЮНА и Союз коммунистов — это фактически все, что осталось от югославской идеи; соответственно, югославизм начал ассоциироваться с тоталитаризмом и милитаризмом.
С 1986 по 1991 год произошло резкое сокращение военных расходов (с 2,491 миллиона долларов США в неизменных ценах 1988 года до 1,376 миллиона), что способствовало нарастанию внутри ЮНА чувства виктимизации и паранойи по поводу внутренних и внешних врагов. (Выражением этой паранойи стал арест — и последовавший печально известный суд — молодого словенского журналиста, в 1988 году подвергшего критике экспорт оружия в страны третьего мира.) История войн в Словении, Хорватии, и прежде всего Боснии и Герцеговине,— это также история развала югославского военно-промышленного комплекса. В результате дезинтеграции ЮНА и частей ТО образовалось сочетание регулярных и нерегулярных сил, в которое влились преступники, добровольцы и иностранные наемники, конкурирующие за контроль над военными активами бывшей Югославии.
В начале войны в Боснии и Герцеговине многообразие военных и военизированных формирований сбивало с толку. Теоретически в этом конфликте участвовали три стороны: сербы, хорваты и боснийцы. На практике же разные силы кооперировались друг с другом в тех или иных сочетаниях. Так, на ранних стадиях войны хорваты кооперировались с боснийцами против сербов. Затем, после обнародования в 1993 году плана Вэнса-Оуэна, который основывался на этнической кантонизации, друг против друга начали воевать хорваты и мусульмане, так как хорваты хотели установить контроль над «своими» кантонами. Потом было принято навязанное американцами Вашингтонское соглашение между мусульманами и хорватами, и на заключительных стадиях войны мусульмане снова скооперировались с хорватами, по крайней мере официально. В ходе войны силы каждой из сторон конфликта приобретали все более централизованный и регулярный характер. К концу войны главными регулярными силами были Армия боснийских сербов (АБС), Хорватский совет обороны (ХСО) и Армия Боснии и Герцеговины (АБиГ).
АБиГ | ХСО | АБС | |
Вооруженные силы | 92 000 | 50 000 | 75 000 |
Основные танки | 31 | 100 | 370 |
Артиллерия | 100 | 200 | 700 |
Реактивные системы залпового огня | 2 | 30 | 70 |
Минометы | 200 | 300 | 900 |
После десятидневной войны в Словении в июне 1991 года ЮНА отвела свои части в Хорватию (бросая за собой свое вооружение). К середине июля 1991 года войска ЮНА (примерно 70 тысяч человек) уже вошли в Хорватию. Объединившись с нерегулярными сербскими силами численностью около 12 тысяч человек, состоявшими как из местных добровольцев, так и завезенных из самой Сербии групп (зачастую преступных), они опробовали там стратегию, которая затем стала применяться в Боснии и Герцеговине. После прекращения огня в Хорватии ЮНА отошла в Боснию и Герцеговину, забирая с собой свою боевую технику. В мае 1992 года ЮНА официально вывела войска из Боснии и Герцеговины. На практике в Сербию и Черногорию ушло только около 14 тысяч человек; остальные войска перешли в Армию боснийских сербов.
ХСО был образован из ополчения при ХДС. Он действовал вместе с Хорватской армией (ХА), сформированной на основе хорватских сил территориальной обороны и отточившей в ходе войны свое мастерство благодаря инструкторам из созданной отставными американскими генералами частной военной компании Military Professional Resources Incorporated (MPRI).
Когда началась война, боснийской армии не существовало. По сути, оборону боснийской территории организовывали на местах. Сараево защищала сборная солянка из патриотических союзов и других военизированных формирований, в основном организованных сараевским подпольем. Тузлу обороняли местные силы полиции, усиленные местным же патриотическим союзом. Несмотря на то что в мае 1992 года Изетбегович заявил о формировании регулярной армии, до осени 1993 года, когда премьер-министром стал Силайджич, командование армии не было централизовано, а разнообразные бандитские группы никем не контролировались. Даже в ту пору, согласно оценке экспертной комиссии ООН, из 70 тысяч человек личного состава были вооружены только 44 тысячи.