К краху компартии, к очернению истории Советского Союза, марксистско-ленинской идеологии, к внесению разброда в советскую науку и культуру Яковлев имеет самое прямое отношение — и расстановкой своих людей в органах агитации и пропаганды, а также в средствах массовой информации, и распоряжениями, дававшимися им в партийные инстанции как секретарем ЦК КПСС. После развала Советского Союза Яковлев сбросил маску: в 1998 году заявил газете «Известия», что пришел в ЦК КПСС для того, чтобы разрушить советский режим изнутри, используя для этого партийную дисциплину и слабые стороны ее структуры.[25]
Яковлев инспирировал и организовал ряд шумных кампаний по дискредитации вооруженных сил и органов государственной безопасности Советского Союза. Председательствовал в комиссиях по советско-германскому договору о ненападении 1939 года и по реабилитации жертв политических репрессий. Об одной из таких кампаний, против КГБ СССР, рассказывает Н. А. Брусницын в своей книге «Кто подслушивает президентов…». Эта шумная акция развязана в демократических СМИ в 1990 году. В основу ее легла провокационная выдумка: органы госбезопасности якобы установили аппаратуру для подслушивания в кабинете Председателя Верховного Совета РСФСР (в то время — Б. Ельцина). В действительности кабинет в Белом доме, в котором работал Ельцин, еще в ходе строительства здания, то есть задолго до Ельцина, оборудован специальной защитой от возможной утечки информации, принимая во внимание то обстоятельство, что здание Верховного Совета находилось в непосредственной близости от нового комплекса посольства США. Органам КГБ уже давно было известно о ведущемся американскими спецслужбами из зданий своих дипломатических представительств электронном подслушивании важных объектов. Белый дом относился к числу таких объектов, к которым проявляли интерес ЦРУ и АНБ, и, как правительственное учреждение СССР, подлежал оборудованию специальной техникой защиты.Ельцина, как водится, «завели», что оказалось очень легко в конкретных обстоятельствах времени. Устроенная при участии Яковлева шумиха постепенно сошла на нет лишь после специального расследования, в которое были вовлечены депутатские комиссии Верховного Совета РСФСР, Гостехкомиссия СССР, ряд министерств и ведомств, в том числе охрана Председателя Верховного Совета. Следует отметить, что Яковлев и участвовавшие в провокации СМИ уклонились от разъяснения сути дела, когда расследование завершилось, а кампания по компрометации КГБ продолжалась и нарастала, с привлечением других, столь же несостоятельных материалов.
Что озлобило Яковлева и вызвало столь яростные нападки на КГБ СССР? Конечно, проявлялась его общая нацеленность на дискредитацию государственных институтов Советского Союза. Еще одно обстоятельство: председателем КГБ Яковлев недвусмысленно обвинен в контактах с американскими спецслужбами, а он тщательно их утаивал даже от своего тогдашнего друга М. Горбачева. Когда полученную информацию сообщили генсеку, тот не отнесся к ней как к событию чрезвычайной важности, не давал согласия на проверку и даже отказался поговорить с самим Яковлевым по существу дела. Можно полагать, что Яковлев уже узнал об информации КГБ (как позже выяснилось, похожей информацией располагала и советская военная разведка). Либо источник утечки — сам Горбачев, либо сведения просочились к Яковлеву каким-то иным путем.
Когда делу дали официальный ход через прокуратуру, Яковлев уже находился в фаворе у Ельцина и обвинение в том, что он «агент влияния», повисло в воздухе. Расследование свернули — тогда отсутствовали прямые доказательства. Является (или был) Яковлев «агентом влияния» ЦРУ — требует оперативного и уголовного расследования.