В 1938 г. в апреле месяце о. Сергий был арестован, он находился в постели, т. к. у него началась водянка и он уже не мог ходить. Жил он в небольшой деревне неподалеку от города и ему было приказано идти пешком до города. Идти он не мог, все время падал, но его били в спину и кричали: «иди, иди». Все же он идти не смог и упал. Тогда его дотащили до школы и заперли там до утра, а утром прислали автомобиль и увезли. Все это с ужасом наблюдали жители этой деревни. Больше о нем никто ничего не слыхал.
В 1941 г., в первые дни немецкой оккупации г. Харькова, неизвестный пожилой человек стал разыскивать жену о. Сергия. Разыскавши ее, он рассказал, что по своей работе бывал на кладбище, куда привозили трупы из НКВД и сбрасывали в братские могилы. Однажды в декабре 1938 г. привезли 4 трупа, и на одном из них он заметил приколотую бумажку, на которой было два слова: «кладбищенский батюшка». Очевидно, верующие заключенные дали весточку на всякий случай. «Долго я не решался прийти к вам, — сказал он, — но совесть меня мучила, и вот я пошел, чтобы найти вас, жену о. Сергия». Он прошел не менее 16 километров по лютому морозу и в опасное военное время прифронтовой полосы.
Массовые аресты в г. Киев
К осени страшного 1937 года в Киеве осталось лишь 4 храма, в которых совершались богослужения: Соломенская-Покровская, Набережно-Никольская, Приорская-Покровская и Соборный храм упраздненного Выдубицкого монастыря.
Соломенская церковь была кафедральной Митрополита Киевского Константина (Дьякова), б. Харьковскаго, замученного в НКВД, в октябре этого же 1937 года.
Уже весной 1933 года, после т. н. паспортизации, все проживавшие в Киеве монашествующие были выселены из города за 50 километровую зону. Несмотря на то, что к этому времени много иноков было арестовано и сослано, много схвачено на сельских приходах, куда иеромонахи посылались епархиальной властью ввиду недостатка белого духовенства и, напри-мер, из некогда свыше тысячного братства Лавры, ютились в халупах и хатах окраин всего около 150 человек, все же число всех монашествующих в Киеве представлялось НКВД очень большим и оно стремилось «ликвидировать» иноков разными способами. Трудно передать страдания измученных беспрерывной травлей и притеснениями старцев, вынужденных ехать в полную неизвестность. Ведь среди них были такие, которые десятки лет не выходили за ограду св. Лавры (напр. игумен Иродион — около 40 лет). Киевские паспорта были выданы лишь перешедшим 70-летний возраст и тем немногим, кого защитила врачебная справка (последовательность в действиях паспортных отделов иногда была странной). Эти старцы, однако, не имели права совершать богослужения, не будучи зарегистрированными у инспектора культов, а лишь стекались в праздники на молитву, главным образом, в Соломенскую церковь, где верующие снабжали их продуктами и оказывали денежную помощь.
И вот 1-го октября ст. ст. 1937 г. в день Покрова Богоматери, когда иноков собралось в Соломенский храм особенно много, весь церковный погост был оцеплен милицией. Милиционеры и агенты НКВД ходили между богомольцами и под предлогом облавы на бродяг и беспаспортных выискивали монашествующих, которых очень легко можно было узнать даже тогда, когда они были не в духовной одежде. В церковь милиция не входила, но укрыться там никто не мог, т. к. милиционеры дежурили до самого окончания службы. Всех арестованных (главным образом глубоких стариков, свыше 70 лет) уводили в близлежащий район милиции, откуда они были увезены в неизвестное никому место. Среди схваченных из Лаврской братии были особенно почитаемы всеми: игумен Евграф, схимонах Моисей и монах Сила — все трое дряхлые старцы. Большинство из них не были беспаспортными и жили легально в частных домах. Никто не знает, где и какая кончина постигла этих страдальцев, число которых не менее тридцати, но всем православным эта расправа над иноками, уже столько страдавшими, показала «смерть преподобных», воспринятую за святое Православие, знамением которого (особенно в Киеве) всегда было не склонявшееся ни к каким ересям и расколам православное монашество.
Покровский женский монастырь в г. Киев
При закрытии монастыря, а Покровский монастырь был закрыть первым, была выслана игуменья София, монахини держали место ее пребывания в секрете.