Лично он обратил множество сектантов и раскольников в епархии в православие и насаждал единоверческие приходы, сам служа в них по старопечатным книгам. В поселке Сухорченском в 1905 г. он обратил (с помощью местных миссионерских сил) старообрядческого священника отца Савву Сладкого, с которым в единоверие последовало несколько сот семейств и образовался большой приход, ежегодно увеличивавшийся за счет присоединений. В деле обращения старообрядцев в единоверие ему много помогал синодальный миссионер отец Ксенофонт Крючков, бывший в начале своей деятельности, в 80-х годах, оренбургским епархиальным миссионером. Благодаря их совместной деятельности в Уральской области на протяжении 700 верст (от пределов Оренбургской губернии до Каспийского моря) было построено более 50 единоверческих храмов, школ с причтами. Сотни и тысячи казаков и иногородних обращались в православие на правах единоверия, и епархия ежегодно увеличивалась на десятки новых приходов.
В 1903 г. в Тургайскую область началось переселенческое движение из южных областей России. В духовном отношении переселенческая масса была предоставлена самой себе. Так случилось, что о Тургайских поселенцах все забыли и Главное переселенческое ведомство сосредоточило свои заботы о крестьянах Сибири, Алтая и Приморья. Вместе с переселенцами из южных губерний в Тургай попало немало сектантов. В каждом поселке оказались баптисты, или адвентисты-субботники, имея во главе иногда полуграмотных «пресвитеров» и пасторов, которые не преминули вскоре же основать свои молитвенные собрания.
Православные же в духовном отношении представляли «овец, неимущих пастыря». Сектанты этим воспользовались и стали усиленно приглашать их на свои моления. Не имея места, где можно было бы удовлетворить свои религиозные потребности, православные переселенцы во множестве заполняли сектантские молельни и незаметно для себя оказывались в сектантских общинах. Рождались дети, умирали старики, молодые вступали в брачное сожительство, а совершить таинство было некому. Особенно тяжело переживало православное население дни великого поста и великих праздников. В одном поселке переселенцы собрались в пасхальную ночь на площади, предназначенной для постройки храма, водрузили на длинном шесте колокол, привезенный из Таврической губернии, позвонили в него несколько минут, пропели, как умели, «Христос воскресе» и разошлись тоскливо по хибаркам и землянкам разговляться. В такие дни сектанты устраивали свои торжественные моления и настойчиво приглашали православных прийти «послушать пение и проповедь». Многие шли нехотя, а потом оставались там навсегда.
В конце 1906 и в начале 1907 г. преосвященный Иоаким послал в Тургайскую область двух епархиальных миссионеров-священников, которые могли лично убедиться в том, что целая область находится в сектантском пленении. Миссионерская поездка двух проповедников внесла оздоровляющее действие на уклонившихся: люди несли десятками младенцев для крещения, молодые пары новобрачных приходили с просьбой «принять закон», т. е. обвенчаться по православному чину, а множество верующих обращались с мольбами отпеть покойников, похороненных без церковного чина.
По возвращении миссионеров преосвященный Иоаким составил обстоятельный доклад Св. Синоду, который сверх годовой сметы ассигновал 50 тысяч рублей на устройство храмов и школ в Тургайской области. Были экстренно созданы миссионерские курсы в Оренбурге и Кустанае, на которых в течение четырех месяцев подготовлялись кандидаты во священники, главным образом из народных учителей, псаломщиков и опытных диаконов. На средства Синода были построены храмы, школы и больницы и каждый (центральный) пункт получил священника-учителя. Началась новая жизнь для Тургайской области. Многие ревностные пастыри из других уездов просились на «миссионерскую работу» в Тургай и таким образом в короткий срок вся область покрылась хорошо организованными приходами во главе с идейными пастырями и сектантской пропаганде был положен конец. Увлекшиеся сектантством без затруднений обращались в православие, везде были заведены вечерние богослужения с беседами священников, стали открываться приходские религиозно-просветительные и миссионерские братства и таким образом православие в области было спасено.
Преосвященный Иоаким в 1908 г. сам посетил область. В каждом поселке его встречали массы верующих, в больших пунктах он служил торжественные литургии, миссионеры проповедовали и распространяли противосектантскую литературу. Сам владыка, незаурядный оратор, поражал всех знанием Священного Писания и в своих поучениях кратко, но сильно и убедительно поражал заблуждения отступников. Каждый год присоединенные к православию увеличивались. После присоединения к православию сектантского «пресвитера» из поселка Викторовка, сектанты замолкли и нигде во всей области не наблюдалось отступлений в сектантство.