В 1911 г. на праздник Святой Троицы он говорил в Иркутске, в 1912 г. в тот же день в Петропавловске, на Камчатке. В июле 1912 г. проповедует в Тобольске по случаю принесения Албазинской чудотворной иконы Богоматери, в 1913 г. в июле — в Омске.
Государство поставило пред Церковью трудную задачу духовного обслуживания переселенческого движения в Сибирь и устроения церковной жизни на новых местах. Священников не хватало. В течение года нужно было создать их столько, сколько требовалось. По поручению Синода за это дело взялся протоиерей отец Иоанн Восторгов.
Этот человек незаурядного ума и огромной энергии отлично справился с этой трудной задачей, избирая в священники способных псаломщиков и сельских учителей и подготовляя их на специальных семинарских курсах. Особенно поразительны были результаты обучения проповедничеству. В год по его методу ученики совершенно овладевали церковным ораторским искусством. Коллективно разработанные его учениками проповеди печатались и раздавались после произнесения их по церквам.
Неутомимые разъезды по всем весям и городам обширнейшей России, всюду беседы, проповеди, призывы. Во время его пребывания в Харбине в 1910 г. им было организовано Братство Воскресения Христова при Свято-Николаевском соборе с возложением на него забот по охране могил павших в Манчьжурии русских воинов.
В 1911 г. ему удалось после целого ряда лет стремления Палестинского Общества осуществить покупку участка земли в г. Бари, где почивают мощи св. Николая Мирликийского, и основать там подворье для русских богомольцев. Организация в 1913 г. Женского богословского института в Москве — дело его инициативы и настойчивости.
Революция, отречение государя императора были страшными ударами для отца Иоанна. Но в уныние он, конечно, не впал. Состоя в то время настоятелем Покровского собора, известного более под именем храма Василия Блаженного, он сделал храм этот средоточием здоровых церковно-политических сил. Вся Москва знала, что, придя в этот храм, наберешься там духовной бодрости, услышав правдивое слово. Ясно, небоязненно, ярко касался он страшных вопросов современности, обличал, но и утешал призывами к вере и исповеданию, научая, как надо жить в такие годины. И чувствовалось, покидая храм воистину «о имени Господни», как обновлялась, укреплялась душа и как подготовлен теперь к дальнейшей брани с надвинувшимся на царство русское злом.
Летом 1917 г. отцу Иоанну удалось даже выпускать еженедельную газету.
Захват власти большевиками не ослабил его противореволюционной деятельности. Он всегда за службами говорил обличительные проповеди, отлично зная, что в переполненном храме находятся и чекисты. По воскресеньям в 4 часа он служил молебен на Красной площади, опять громил большевиков, что всегда слышали ходящие на Кремлевской стене чекисты. Он прекрасно сознавал, что его ждет мученическая смерть.
Летом 1918 г. протоиерей Восторгов был арестован. Большевики в тот момент боялись настолько влиявшего на народ человека убить за одни проповеди и искали других контрреволюционных действий. Советскому провокатору удалось получить согласие отца Иоанна на продажу Московского епархиального дома, который уже являлся социализированным. Горячо любящие его прихожане напрасно собрали двадцать тысяч рублей на наем адвоката, а отец Иоанн также напрасно дал из тюрьмы в письменных показаниях исчерпывающие доказательства полицейской провокации.
Сначала он сидел на Лубянке, а потом был перевезен в Таганскую тюрьму. Прихожане все время снабжали его съестными припасами, хотя сами в то время очень нуждались. Ему разрешено было служить в тюремной церкви, и многие ходили туда помолиться.
Перед самым расстрелом его снова перевезли на Лубянку, в главное здание ЧК. Он ясно сознавал, что надвигается смерть. Исповедовал находившихся с ним и их же напутствовал на месте расстрела.
Смерть есть экзамен нашей веры, и смерть отца И. Восторгова свидетельствует о его мужественном исповедании веры и твердости того упования, которому он служил всю свою жизнь. Умер он доблестной смертью христианского мученика.
Вот рассказ о расстреле русских министров, с которыми был расстрелян и отец Восторгов.
«… С полгода тому назад привелось мне встретиться с одним лицом, просидевшим весь 1918 г. в московской Бутырской тюрьме. Одною из самых тяжелых обязанностей заключенных было закапывание расстрелянных и выкапывание глубоких канав для погребения жертв следующего расстрела. Работа эта производилась изо дня в день. Заключенных вывозили на грузовике под надзором вооруженной стражи к Ходынскому полю, иногда на Ваганьковское кладбище, надзиратель отмерял широкую в рост человека канаву, длина которой определяла число намеченных жертв. Выкапывали могилы на 20–30 человек, готовили канавы и на много десятков больше. Подневольным работникам не приходилось видеть расстрелянных, ибо таковые бывали ко времени их прибытия уже «заприсыпаны землею» руками палачей. Арестантам оставалось только заполнять рвы землей и делать насыпь вдоль рва, поглотившего очередные жертвы ЧК.