В апреле 1994 года прокуратура Московской области опротестовала приказ "О лицензировании школы-интерната Ступинского района" как изданный в нарушение действующего законодательства и Конвенции ООН о правах ребенка.
Справка от 4 апреля 1994 года, представленная экспертами Научно- исследовательского института проблем укрепления законности и правопорядка в Комиссию по правам человека при Президенте РФ, гласит:
"Обследование СЭШЙ показало, что воспитанники оказываются плохо приспособленными для жизни вне коллектива школы. Этот факт отмечен в статье "Рай без памяти" Ю.Ряжского и подтвержден данными... Данные о воспитанниках СЭШИ свидетельствуют о присущей им "свободофобии", формирующейся на психологическом уровне...
Необходимо принять меры к немедленному прекращению медицинского вмешательства в отношении учащихся СЭШИ, поскольку, по заключению специалистов (психиатров и психологов – членов экспертной комиссии), такое вмешательство создает угрозу здоровью и благополучию личности".В июле 1994 года комиссия под руководством профессора Ю.И.Полищука, созданная по указанию заместителя министра МЗ РФ в связи с обращением прокуратуры Московской области по жалобе А.Е.Горячевой на неправильное лечение ее дочери в медико-педагогическом центре благотворительного фонда "Спаситель" (г.Ступино), возглавляемом В.Д.Столбуном, дала заключение о необоснованности и несоответствии действующему законодательству в области здравоохранения практикуемых там методик.
Московский городской Медико-педагогический лечебно- реабилитационный подростковый центр подтвердил использование методов контроля сознания детей в СЭШИ: "Личностные особенности детей и подростков нивелированы, дети как бы усреднены...
Нарушение этических норм прослеживается четко".Доктор психологических наук, заведующая лабораторией нейропсихологии факультета психологии МГУ им. М.В.Ломоносова Т.В.Ахутина в своем заключении отмечала снижение среди учеников этой школы возможности к произвольной (опосредованной речью) организации поведения и писала: "Вместо того, чтобы учить детей быть самостоятельными, школа приучает их пассивно следовать воле лидера или большинства. Одновременно такой способ обучения не способствует и интеллектуальному развитию учащихся... Процедура "слоения", применяемая в школе, – это эксперимент, осуществляемый над детьми,
полностью зависящими от своих педагогов и воспитателей... Манипулирование над табуированными зонами, проводимое одновременно тайно и коллективно, может весьма серьезным образом влиять на незрелую психику ребенка, создавая глубокие комплексы".