Опасность деятельности "Церкви саентологии" для общества подтверждена экспертами Российской Академии государственной службы при Президенте Российской Федерации и Комитета по связям с религиозными организациями Правительства Москвы в выпущенном в 1996 году этими организациями справочнике: "На протяжении всех лет существования Церковь саентологии постоянно обвиняюсь в нарушениях прав человека и религиозных свобод. Это связано с тем, что разработанная Л. Рон Хаббардом "программа очищения" ведет к полному и безропотному подчинению ее адептов руководству Церкви".
По информации ИТАР-ТАСС от 31 октября 1996 г.. Управление Федеральной службы налоговом полиции РФ по Санкт-Петербургу арестовало имущество городского саентологического центра - религиозной организации тоталитарного толка - за невыполнение требования о погашении задолженности по платежам. По результатам проверки финансово-хозяйственной деятельности центру еще в начале сентября было предъявлено постановление о немедленной уплате налогов и штрафов. Несмотря на то, что наличные деньги к ним поступают, саентологи требованию не подчинились, а на их расчетном счете по-прежнему значится всего несколько рублей. Проверка финансовой деятельности выявила нарушения правил ведения бухгалтерского учета и налогового законодательства. Основным способом ухода от уплаты налогов стало оформление выручки, полученной от сотен обучающихся на семинарах и курсах, в качестве "членских взносов". Только в 1995 году таким образом было оформлено около 625 миллионов рублей: желающим обучаться в центре предлагалось подписать заявление о приеме в члены организации. Кроме того, центр "списал" учебные пособия по дианетике и саентологии, якобы предназначенные для раздачи слушателям курсов и семинаров. Сумма списания по "липовой" накладной составила 10,3 миллиона рублей. Сокрытие выручки на сотни тысяч рублей совершалось и при распределении литературы через петербургскую книготорговую сеть. Центру предъявлены штрафные санкции на более чем 80 миллионов рублей [17].
В октябре 1996 года в Екатеринбурге был закрыт "Хаббард-колледж", с 9 октября 1996 года "Хаббард-колледж" Нижнего Тагила исключен Управлением юстиции Свердловской области из государственных реестров Свердловской области и общественных организаций в связи с фактом его самоликвидации.
В конце 1996 года в серии "Оборона и безопасность" вышел в свет подготовленный экспертами Аналитического управления Аппарата Государственной Думы Российской Федерации Аналитический вестник, раскрывающий особую опасность для личности, общества и государства деятельности "Церкви саентологии" и ее дочерних организаций (центры дианетики, система Хаббард-колледжей и организаций "Нарконон" и др.). 15 декабря 1996 года было принято Постановление Государственной Думы Российской Федерации "Об обращении Государственной Думы Федерального Собрания Российской Федерации "К Президенту Российской Федерации об опасных последствиях воздействия некоторых религиозных организаций на здоровье общества, семьи, граждан России", в котором "Церковь саентологии" классифицирована как деструктивная религиозная организация, подтверждено определение ее германскими властями как "криминальной коммерческой организации с элементами психотеррора", а также указано на ее возможное участие в шпионской деятельности.
Италия. Но сообщению информационного агентства Франс Пpеcc от 18 января 1997 года, миланский апелляционный суд приговорил 29 членов "Церкви саентологии" к тюремному заключению на сроки от 9 до 20 месяцев за криминальную организацию. Решение было вынесено 2 декабря после апелляции прокуратуры Милана против оправдания 67 из 74 саентологов шесть лет назад. В решении декабрьского суда самый большой срок в 20 месяцев тюрьмы получила Габриэль Сегалла, которая, как считается, принесла саентологию в Италию.
Греция. В июле 1996 года греческий суд закрыл саентологическую организацию в Афинах (KEFE) после получения 4200 жалоб и после изучения документов, обнаруженных во время обыска Афинского отделения "Церкви саентологии". По сообщению греческих газет, часть обнаруженных документов свидетельствовала о проникновении саентологических агентов в Разведывательное агентство Греции в 1993 году.