Правда, старинные каналы еще кормили население, состоявшее из узбеков, таджиков, туркмен, киргизов, цыган. В трех кишлаках жили даже арабы. Преобладали, разумеется, таджики и узбеки. Но в двадцатые годы земли начали пустеть. Поля на склонах гор зарастали сорными травами, пастбища были пустынны, ирригационные сооружения разрушены. Согласно переписи 1926 года, население долины Вахша едва достигало 11 500 жителей.
Советская пропаганда обвиняла во всех бедах басмачей, но басмачи базировались за границей, в соседнем Афганистане, и туда же, в Афганистан, переселялись жители Южного Таджикистана. Не просто переселялись — бежали, иногда — целыми кишлаками. Бежали от коллективизации. В 1928 году в Средней Азии появились первые колхозы и совхозы, их число росло каждый год. Баев в Средней Азии изводили так же рьяно, как в России кулаков. Даже Павел Лукницкий, коммунист и, не исключено, чекист, рассказывает характерный случай. Бедного памирца Марона-Али почему-то записали в баи. Это привело памирца в такой ужас, что он хотел сразу застрелиться, но передумал и написал заявление: «Как звать меня баем, когда я жил до сих пор как все бедняки, и просил горох и муку на каждом дворе, и расчески делал, и канал делал. Если меня звать баем, лучше поставить меня под стену и стрелять…» К счастью, из баев Марона-Али исключили.
Таджики и узбеки воинственны, поэтому сопротивление советской власти не стихало здесь больше десяти лет. Свою ненависть к большевикам басмачи переносили и на всех русских, при случае вырезали «урусов» поголовно, поэтому даже участники советских научных экспедиций еще в начале тридцатых обязательно вооружались винтовками и наганами, которые им нередко приходилось пускать в ход.
Разумеется, геологи, зоологи, географы в большинстве своем не отличались хорошей военной подготовкой. Лукницкий так описывает боевые качества своих товарищей: «…некоторые впервые садятся в седло. Даже заседлать коней не умеют. Но у них воинственный вид <…> у иных на животе даже поблескивают жестянкой бутылочные ручные гранаты. Бывалые участники экспедиции хмуро оглядывают таких новичков, боясь не басмачей, а этого воинства, потому что любой из новичков способен по неосторожности и неопытности взорвать гранату на собственном животе или вогнать наганную пулю в круп лошади».
Одна научная экспедиция в полном составе попала к басмачам в плен. Советские ученые спаслись только тем, что назвались врачами, а людей этой профессии в Средней Азии ценили высоко.