Своевременно принятые меры, разумные на взгляд русского человека, были по сути шаблонными карантинными мероприятиями, какие предпринимались повсюду в России при возникновении чумной или холерной эпидемии. Однако в Ташкенте они решительно воспрепятствовали насущному, неукоснительному, коренящемуся в глубинах мусульманского сознания требованию — похоронить умершего в день смерти. Большое число трупов, требующих осмотра, недостаток медперсонала, отдаленность доступных кладбищ — все это задерживало похороны, шло вперекор обычаю, выглядело нарочито кощунственно, исходило от инородцев и в конце концов вызвало крайнее недовольство мусульман.
В результате скоротечного бунта погибло около ста человек. Шестьдесят участников мятежа предстали перед военным судом. Двадцать пять человек были оправданы, восемь приговорены к повешению, остальных приговорили к тюрьме и ссылке. Позже генерал-губернатор барон А. Б. Вревский помиловал осужденных, заменив виселицу тюремным заключением.
На примере ташкентского бунта легко убедиться, как важно было администрации понимать традиции местного населения и не затрагивать основы его привычного существования.
До того времени, когда Средняя Азия, уже как часть России, начала переживать все беды и радости неуклонно приближающейся революции, возмущения здесь происходили считаные разы и вовлекали очень ограниченный круг населения — прежних ханских чиновников и тех, кто был подвержен идеям исламского освобождения.
Первые серьезные события протестного характера были связаны уже с революционной ситуацией 1905 года. Осенью в Ташкенте состоялся многолюдный митинг, в результате разгона которого погибло несколько человек. Беспорядки продолжались около года: рабочие бастовали, солдаты саперных и железнодорожных батальонов отказывались повиноваться командованию. В бунтующих солдат стреляли, были убитые и раненые. Расстрелы не останавливали солдат. Была предпринята попытка захватить Ташкентскую крепость, в которой находились воинские казармы.
Значительным был мятеж в июне 1906 года в Закаспийской области, где из повиновения вышли солдаты стрелкового батальона. Они предъявили своему командованию ультиматум, требуя вернуть из штрафной роты трех товарищей, а также улучшить условия содержания. Мятеж был подавлен, более 500 рядовых были преданы военному суду.