К лету 1922 года отношения между органами советской власти и широкими слоями жителей Самаркандской области достигли такой напряженности, что даже этот деятель ГПУ был вынужден выступить за ослабление террора. Он потребовал, чтобы все дела о самочинных расстрелах были немедленно переданы в Революционные военные трибуналы для срочного разбора, а также рекомендовал командованию Самаркандских войск издать указ о недопустимости таких расстрелов в будущем. По его мысли, расстрелы следует использовать в качестве крайней меры по отношению к наиболее опасным руководителям крупнейших басмаческих отрядов. Мелкие курбаши и рядовые джигиты должны были подпадать под амнистию.
Важным элементом политики красного террора в Средней Азии стал институт заложничества, широко использовавшийся во время Гражданской войны по всей России. Придерживаясь партизанской тактики, басмачи уходили от открытых столкновений. Заложничество позволяло советским властям либо вызывать их на открытый бой, либо заставить капитулировать из опасений за жизнь своих близких родственников.
Вот, например, как выглядел один из указов председателя Совета Бухары Ходжаева, захватившего в одном из рейдов 60 заложников из числа близких родственников басмачей: «Если главари в течение 15 дней явятся с повинной, сложат оружие, то будут помилованы, если нет — через 15 дней конфискуется их имущество, если и после этого они будут продолжать активные выступления, заложники будут расстреляны». (Характерно, что, когда в Восточную Бухару приехал известный турецкий политический деятель Энвер-паша, объединивший часть бухарского басмачества, Ходжаев во время секретных переговоров заявил ему о своей поддержке. В начале 20-х годов представители коренного населения, занимавшие даже самые ответственные посты, при первой возможности предавали советскую власть и вступали в сговор с басмачами.)