Для него лично работа над текстами античных авторов была, без всякого сомнения, главным делом жизни. Скорее всего, что именно ради возможности трудиться в относительно безопасных и комфортных условиях, насколько это было возможно в охваченной религиозными войнами Европе второй половины XVI века, он трижды менял вероисповедание. Родившийся в католической семье и воспитанный в коллегии ордена иезуитов в Кельне, учившийся затем в католическом университете Лувена, он, лишившись родительского дома, разграбленного испанским отрядом в 1572 году, бежит из бунтующих испанских Нидерландов. Липсий поселяется в Йене, где переходит в лютеранскую веру, обзаводится семьей и преподает классические языки в Йенском университете. Затем он перебирается в освободившийся от испанцев кальвинистский Лейден, снова меняет вероисповедание, но после тринадцати лет преподавательской и научной деятельности (1578–1591), возвращается в южные провинции и соответственно — в лоно римско-католической Церкви. Он был прощен, несмотря на то, что его трактат «Политика» в свое время занесли в папский Index librorum prohibitorum (Индекс запрещенных книг). До конца жизни он будет теперь преподавать в родном университете, публиковать труды и вести обширную переписку. Среди его друзей и учеников оказываются люди разных исповеданий и убеждений: воевавший в Нидерландах против испанцев и погибший в сражении при Зютфене в 1586 году английский поэт Филипп Сидней (англиканин), братья Питер и Филипп Рубенсы (католики), будущий автор теории общественного договора, тогда еще молодой начинающий юрист Гуго Гроций (кальвинист).
К последнему периоду жизни Липсия относится ряд его трактатов, где он закладывает начала исследований, относящихся к весьма важной области истории мировой культуры, которую называют ныне культурой повседневности. Занятия греческими и латинским текстами побудили Липсия изучать то, что для древних писателей являлось делом обыденным: они не объясняли читателям забытые впоследствии значения слов и выражений, обозначавших культурные реалии античности. Теперь для их понимания требовалась напряженная умственная работа, разделяющаяся на два этапа. Первый — собирание сведений, для чего нужно было читать и перечитывать все доступные на то время тексты, не только напечатанные стараниями прежних поколений европейских гуманистов, но и остававшиеся в рукописях. Второй — словесная (и для наглядности, насколько возможно — графическая) реконструкция, позволяющая создавать идеальные модели культуры и быта древних. В итоге, между 1593 и 1606 годами, появляются сочинения, отличавшиеся по тем временам новизной темы. Липсий пишет трактат «О кресте» (De cruce)[4], где исследует важную для христиан тему: римскую казнь через распятие. Собрав виртуальный «музей» из различных типов крестов, подкрепив вербальное описание натуралистической графикой, он особо останавливается на crux simplex (вертикальный столб) и patibulum (перекладина), двух наиболее часто встречающихся разновидностях. Их изображения часто перепечатывают нынешние свидетели Иеговы, ссылаясь на Липсия, хотя у него нет прямого утверждения, будто бы Христа распяли на перекладине.
Другой трактат рассказывает нам о римских амфитеатрах[5], где устраивались не только зрелища, но и публичные казни христиан. Подробная реконструкция этого античного сооружения подкреплена гравюрами на меди, показывающими римский амфитеатр во всех деталях, важных для понимания того, как проходили представления.
Ранее отдельный трактат был специально посвящен самым популярным в древнем Риме праздникам — Сатурналиям, а также организации гладиаторских боев[6].
Расширяя исследовательскую сферу, Липсий от единичных культурных феноменов переходит к комплексному воспроизведению таких составляющих античной культуры как военное дело[7] и религия. Последней теме посвящен трактат, рассказывающий о жизни, социальном статусе и обрядах римских весталок[8].
Наконец из-под его пера выходит свод сведений обо всех достижениях древнего Рима, своего рода статистический отчет о Римской империи[9], наследницей которой выступала Священная Римская империя германской нации (а ее верноподданным был и вернувшийся из добровольной эмиграции на имперские земли автор книги). На двухстах сорока страницах он сообщает читателю о границах (finibus), воинских силах (copiis), богатствах (opibus), достижениях (operibus), мужах (viris) и добродетелях (virtutibus) Рима. Присутствующий в названии трактата герундий admiranda (буквально — то, что достойно восхищения) раскрывает цель сочинения: вызвать у читателя восторг перед величием древней цивилизации, и раскрыть перед глазами новоевропейских правителей вечный образец для подражания.