Вопрос о гомосексуальных связях далеко не всегда решался Церковью так мирно, как сегодня. В 390 году император Феодосий I, ненадолго объединивший под эгидой христианства распавшуюся Римскую империю и активно насаждавший новую нравственность, издал закон, по которому пассивная гомосексуальность в борделях наказывалась сожжением заживо. Через полвека император Восточной Римской империи Феодосий II распространил эту кару не только на профессионалов, но и на любителей. Юстиниан в середине VI века велел подвергать смертной казни всех гомосексуалистов, независимо от сексуальной позиции, объявив, что «из‐за таких преступлений возникают голод, землетрясения и мор». Но уже в VIII веке папа римский Григорий III, имевший свою точку зрения на причины землетрясений, предложил карать однополые сексуальные контакты скромным сроком покаяния: 160 дней для женщин и один год для мужчин. Видимо, такая кара мало кого пугала, потому что в начале XII века архиепископ Ансельм Кентерберийский сетовал: «Этот грех стал таким распространенным, что почти никто даже не краснеет из‐за него…»
С появлением святой инквизиции «содомитов» начинают приравнивать к еретикам, и в большинстве европейских стран наказание за однополые связи резко ужесточается. Теперь гомосексуалов сжигают, кастрируют и подвешивают за ноги, обезглавливают… Заодно преследуют и тех, кто занимается нетрадиционным сексом с представителями противоположного пола. Так, в конце XV века в Венеции одного рыбака казнили за «частую содомию с собственной женой». Из 30 тысяч дел, расследованных португальской инквизицией, 900 касались гомосексуальных связей. Впрочем, по этим обвинениям сожжено было только 50 человек, к остальным, прежде всего подросткам, проявили снисхождение.
С наступлением Ренессанса отношение к гомосексуалам начинает меняться, а законы, преследующие их, смягчаются. Живший в XVI веке великий скульптор Бенвенуто Челлини дважды привлекался к суду за связи с мальчиками. Первый раз вина его не была доказана, но во второй раз художника вынудили признаться. Однако приговорили его не к смерти, а всего лишь к штрафу и четырем годам тюрьмы, куда он, кстати, так и не попал. Вместо этого он продолжал выполнять церковные заказы и пользовался покровительством высоких духовных особ. Когда его враг и соперник Баччо Бандинелли публично назвал Челлини содомитом, тот ответил: «Дал бы Бог, чтобы я знал столь благородное искусство, потому что мы знаем, что им занимался Юпитер с Ганимедом в раю, а здесь на земле им занимаются величайшие императоры и наибольшие короли мира. Я низкий и смиренный человечек, который и не мог бы, и не сумел бы вмешиваться в столь дивное дело».
Примерно в те же годы в Англии был обвинен в содомии с собственными учениками директор знаменитой школы в Итоне священник Николас Юдалл. Но его наказание ограничилось годом тюремного заключения, после чего Юдалл был назначен приходским священником в Брейнтри, а впоследствии — директором Винчестерской церковной школы.
Сегодня среди разных христианских конфессий отношение к гомосексуальности колеблется от полного неприятия до столь же полного приятия. Католическая церковь, признавая, что гомосексуалы чаще всего не виноваты в своих наклонностях, тем не менее до последнего времени призывала их если не к смене ориентации (что, как правило, невозможно), то по крайней мере к полному воздержанию. Папа римский Бенедикт XVI сравнил распространение гомосексуализма с экологическим бедствием. Чтобы спасти от этого бедствия хотя бы клир, Конгрегация по вопросам католического образования издала инструкцию, согласно которой священнический сан запретен для людей, имеющих «настоящие глубокие гомосексуальные наклонности» или поддерживающих «так называемую „гей-культуру“», в течение последних трех лет с момента вступления в семинарию. Но несмотря на то что папа непогрешим и мнение Ватикана обсуждению не подлежит, у некоторых католических священников имелась своя точка зрения на вопрос, и они ее публично высказывали. В основном они выступали за то, чтобы если и не венчать однополые браки, то по крайней мере признавать моральную допустимость однополых партнерств.
В отличие от Ватикана, многие протестантские церкви ничего против гомосексуальных связей не имеют. Так, Евангелическая лютеранская церковь в Америке, Евангелическая церковь Германии, Протестантская церковь Нидерландов не только признают допустимость однополых союзов, но и дозволяют своим служителям состоять в таковых. Церковь Швеции венчает однополые браки наравне с традиционными. Список этот можно продолжить.
Представители «либерального христианства» считают гомосексуалов группой, которая подвергается незаслуженной общественной дискриминации. Лауреат Нобелевской премии мира, бывший англиканский архиепископ Кейптауна Десмонд Туту сравнил гомофобию с апартеидом и назвал ее «преступлением против человечества». Он сказал: