В то время выдвигалось множество теорий, объясняющих появление и исчезновение ископаемых остатков. Широко была распространена идея, что окаменелости образованы самими камнями, пытавшимися воплотиться в живых существ. Согласно другой теории, они были морскими существами, выброшенными на сушу во время великого библейского потопа. Ни одна из этих идей Джона Рея не устраивала. Он был религиозным человеком и признавал, что некоторые, но не все ископаемые остатки могли происходить из времен Ноя, однако он своими глазами видел, что они не лежат все вместе в одном слое горных пород, чего следовало бы ожидать, если бы они все оказались на суше в результате единственного катастрофического потопа. Вместо этого в различных местах, где побывал, он находил окаменелости в отдельных пластах. Более того, дожди и водные потоки во время наводнений скорее смыли бы любых существ в море, а не наоборот. Он сомневался, что великий потоп мог перенести животных из моря на землю, тем более в горы.
В своих путешествиях Рей побывал на средиземноморском острове Мальта и видел среди горных пород высоко в горах аккуратные треугольные камни, в то время известные как
До этого Рей встретился в Монпелье (Франция) с датским анатомом Нильсом Стенсеном, и вполне вероятно, что они обсудили происхождение окаменелых остатков. Стенсен известен в том числе и своими тщательными исследованиями анатомии белой акулы. Когда он с ней познакомился, она была не более чем отрубленной головой. Эту акулу заметили у западного побережья Италии рыбаки, которые поймали ее с помощью петли, вытащили на землю, привязали к дереву и забили до смерти. Голову акулы отвезли во Флоренцию, где Стенсен провел вскрытие и исследовал различные анатомические детали, включая поры на морде, которые позднее были описаны одним из учеников Стенсена, Стефано Лоренцини (в честь которого были названы электрочувствительные органы – ампулы Лоренцини). Когда Стенсен увидел вблизи зубы белой акулы, он понял, что
Стенсен не был первым, кто догадался об истинной природе «каменных языков», но он выдвинул аргументы, которые начали изменять взгляды на происхождение окаменелостей. Одно дело – узнать акульи зубы в камнях, и совсем другое – столкнуться с головоломкой, как Джон Рей, обнаруживший окаменелые останки, которые не были похожи ни на одно современное животное. Могли ли эти окаменелые ныне животные жить давным-давно и с тех пор вымереть? Эта идея противоречила его религиозным убеждениям. По представлениям Рея, всемилостивый и мудрый бог не мог позволить своим идеальным творениям исчезнуть с лица Земли, а значит, полное вымирание невозможно. И Рей нашел способ обойти эту проблему – он считал, что эти экзотические животные, заключенные в камень, всё еще существуют где-то на Земле; со временем кто-нибудь их обязательно обнаружит. В принципе, это не такая уж невероятная идея. В конце концов, целаканты считались вымершими до тех пор, пока живой их представитель не был пойман у берегов Южной Африки в 1938 г. Но целаканты – это очень редкий случай. Можно с уверенностью сказать, что никакие скрывающиеся от людских взоров динозавры не бродят по девственным джунглям, а гигантские доисторические акулы не прячутся на дне Мариинской впадины. Так много людей сегодня исследуют нашу планету, что кто-нибудь бы их уже давно заметил.
Идея вымирания начала приживаться только в следующем веке благодаря работам французского зоолога Жоржа Кювье. Одновременно с составлением каталога всех ныне живущих рыб в своем многотомном труде «Естественная история рыб» он планировал сделать то же самое с ископаемыми рыбами.