Подобно прежним трансформистам, Дарвин высказал мысль, что родство между организмами, составляющее основу так называемой естественной системы, есть простое выражение кровного родства, и естественная система — генеалогическая таблица, наглядно поясняющая это родство. «Общий план организации», на который так напирали все сравнительные анатомы и морфологи, оказался, с точки зрения трансформизма, суммой признаков общего родоначальника. Рудиментарные органы, не выполняющие никакого физиологического отправления и, несмотря на то, нередко составляющие очень важную сторону «общего плана», получили у Дарвина чрезвычайно простое объяснение с той же точки зрения и сделались одним из существеннейших доказательств трансформизма. Кроме всего этого, Дарвин восстановил положение, выработанное натурфилософской школой (см. главу третью), что сходство зародышевого развития данных видов указывает на их общее происхождение. «Зародыш есть животное в менее измененном виде и постольку оно обнаруживает нам организацию прародителя», говорит он. «Если две группы животных, как бы сильно они ни отличались в настоящее время устройством и образом жизни, проходят в течение своего развития одинаковые или сходные зародышевые состояния^ то мы можем быть уверены, что обе они происходят от одинаковых или очень сходных прародителей и вследствие того находятся в соответственном родстве друг с другом. Таким образом, сходство зародышевого состояния выдает общее происхождение». Положения эти, составляющие прямые и непосредственные выводы из всякой теории трансформизма, несмотря на их безразличное отношение к теории подбора, сделались основными догматами новейшей морфологии. Но так как в науке уже накопился значительный запас выводов об общем плане организации и об относительном родстве между различными организмами, то новым трансформистам легко было подставлять трансформистические выражения в готовые результаты (как было показано в третьей главе по отношению к типу иглокожих). Таким образом, снова стали говорить о происхождении земноводных и других позвоночных от рыб и т. п.
Новые морфологи не остановились, однакоже, на этом переводе добытых прежней школой выводов на трансформистический язык. В 1864 г. появилась небольшая объемом, но очень богатая содержанием брошюра Фрица Мюллера, в которой он впервые делает попытку применить основные положения теории преемственного происхождения к объяснению целого ряда фактов из области морфологии ракообразных. Приемы его были большею частью новы, соображения и выводы в высшей степени остроумны и интересны, и потому не удивительно, что брошюра эта, озаглавленная «Fur Darwin», обратила на себя всеобщее внимание. Она имела особенное значение еще потому, что в сильнейшей степени содействовала распространению трансформистических воззрений среди германских зоологов и показала им путь, по которому они должны итти.