Но особо важна была работа Ильича по организации партийной работы в Питере, где до тех пор никакой планомерной социал-демократической организации не было. Тщательно и неустанно подбирал он группу единомышленников, вглядываясь в каждого человека. Идейной сплочённости придавал он громадное значение. Когда группа достаточно спелась, узнала друг друга, Ильич поставил вопрос о распределении сил. Публика была распределена по районам. Каждый был прикреплён к определённому району, который он изучал, в котором вёл кружки. Каждую неделю собирались и обменивались опытом. И Владимир Ильич допрашивал каждого с пристрастием о том, как он проводил беседу с рабочими, что говорили рабочие и пр. Ильич очень был подкован по части конспирации и требовал от всех соблюдения её. Помню, как он рассказывал про Михайлова, народовольца, у которого была кличка «Дворник», как тот следил за тем, насколько члены народовольческой организации ведут себя конспиративно. От членов нашей петербургской группы, которую Ильич усиленно просвещал по части различных конспиративных приёмов (как пользоваться проходными дворами, уходить от шпиков и пр.); Ильич требовал также отказа от обычного в те времена интеллигентского времяпрепровождения: хождения друг к другу в гости, неделовых разговоров, «перебалтывания», как мы тогда говорили. Тут были у Ильича определённые революционные традиции. Я помню, как меня раз выругала Лидия Михайловна Книпович, старая народоволка, за то, что я пошла в театр с человеком, с которым работала вместе в кружке. А Ильич ругал нашу молодую публику за хождение друг к другу в гости. Зинаида Павловна Кржижановская вспоминает: зашла она с приятельницей своей Якубовой к Ильичу, жившему неподалёку, зашла без всякого дела, не застала дома. А вечером, часу в двенадцатом уже, кто-то к ним звонит. Оказывается, пришёл Ильич — только что приехал из-за Невской заставы, усталый, с каким-то больным видом. Стал спрашивать встревоженно, что случилось, зачем приходили, и, когда услышал, что дела не было, что так просто зашли, сердито воркнул: «Не особенно умно» — и ушёл. Зинаида Павловна рассказывает, как они опешили. И ещё вспоминает она очень интересный момент. Организация разрасталась, надо было её оформить. Выбрали руководящую тройку (Ленина, Кржижановского, Старкова), которая должна была стать организационным и литературным центром, перед которым каждый район должен был в определённый день каждую неделю подробно отчитываться в своей работе. Все районы вместе должны были собираться не чаще одного раза в месяц. Все приняли эту новую организацию, но Степан Иванович Радченко, крупный организатор студенческих кружков, привыкший к порядочному-таки «единоначалию», очутившись вне руководящей тройки, заволновался и стал доказывать «районной» публике, что при такой организации «районы» являются простыми исполнителями, а не товарищами по работе, что все они будут совершенно разобщены и лишены участия в общей работе, которая будет всецело в руках у тройки, и пр. и пр. «Районы» взволновались. Особенно оскорбительным показался переход из «товарищей» в «исполнители» — в этом усмотрели акт недоверия. Решено было опротестовать такое отношение тройки. Собрание состоялось у Степана Ивановича, протест был прочитан удивлённой тройке. Ильич ответил горячей речью, в которой он доказывал невозможность при российских условиях «первобытного демократизма», говорил о необходимости организации, говорил о том, что такая организация вызывается потребностями дела, а вовсе не недоверием к кому-либо. Публика успокоилась. В тот вечер Ильич зашёл ко мне рассказать об этом взволновавшем его инциденте, говорил, что возникшее недоразумение крайне характерно, и, очевидно, повторил мне только что сказанную им горячую речь. По правде сказать, я не придала тогда особого значения этому инциденту, а между тем он действительно очень характерен: в нём, как в капле воды, отражены те трудности, которые возникали в первые годы при организации руководящих организаций. Трудно было на первых шагах формирования партийных организаций преодолевать непривычку работать в организации под определённым руководством.
В декабре 1895 г. руководящее ядро группы во главе с Ильичём село в тюрьму. Но и из тюрьмы Ильич руководил движением.
Остатки группы обросли новыми людьми, превратились в «Союз борьбы за освобождение рабочего класса». По мере роста движения стали образовываться группы и в других городах — Москве, Киеве и др.