В ноября 1943 вновь был арестован и заключен в ярославскую внутреннюю тюрьму. Тюремный врач поставил диагноз: миокардит и рекомендовал легкую работу. Допросы шли непрерывно, днем ночью. Следователей было двое, они менялись, не давали спать владыке. В январе 1944 года его переслали этапом в Москву, в Лубянскую тюрьму. В июле перевели в Бутырскую тюрьму и здесь объявили приговор: 5 лет ссылки. После этого у владыки случился тяжелый сердечный приступ.
Общим этапом он был отправлен в тюрьму города Красноярска, где ему объявили, что до места ссылки в село Бирилюссы он должен следовать сам. В августе 1945 епископ Василий скончался. 5/18 октября 1985 были обретены мощи святителя.
Как видим, значительная часть репрессированных советской властью в 1940-е годы и выживших в лагерях священнослужителей и мирян (в том числе канонизированных Церковью в лике исповедников) смогли освободиться только после смерти «лучшего друга всех православных», «тайного христианина» И. В. Сталина.